ORCA
¿Qué es?
ORCA es un programa para química computacional.
Modulos
Para ver las distintas versiones de ORCA disponibles puede ejecutar el siguiente comando:
ml spider ORCA
Y obtendrá un listado similar a:
-----------------------------------------------------------------------------
ORCA:
-----------------------------------------------------------------------------
Description:
ORCA is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for
quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of
open-shell molecules. It features a wide variety of standard quantum
chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- and
multireference correlated ab initio methods. It can also treat environmental
and relativistic effects.
Versions:
ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
ORCA/4.2.1-OpenMPI-3.1.4
ORCA/5.0.0-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.1-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.2-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
ORCA/5.0.3-static-OpenMPI-4.1.1
-----------------------------------------------------------------------------
For detailed information about a specific "ORCA" module (including how to load
the modules) use the module's full name.
For example:
$ module spider ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
-----------------------------------------------------------------------------
Para otros ejemplos en el uso de ml para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki Lmod
Ejemplo de Lanzador
A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición general.
Se carga el módulo por defecto, pero el usuario puede cargar la versión de ORCA que estime necesaria.
Nuestra tarea llamda mi_orca.job tiene el siguiente contenido:
#!/bin/bash
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
#SBATCH -J example
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o example_%j.out
#SBATCH -e example_%j.err
ml ORCA
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file
Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:
!HF DEF2-SVP %SCF MAXITER 500 END * xyz 0 1 O 0.0000 0.0000 0.0626 H -0.7920 0.0000 -0.4973 H 0.7920 0.0000 -0.4973 *
Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:
sbatch mi_orca.job
Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado output_file con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):
*****************
* O R C A *
*****************
--- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---
#######################################################
# -***- #
# Department of theory and spectroscopy #
# Directorship: Frank Neese #
# Max Planck Institute fuer Kohlenforschung #
# Kaiser Wilhelm Platz 1 #
# D-45470 Muelheim/Ruhr #
# Germany #
# #
# All rights reserved #
# -***- #
#######################################################
...
...
...
--------------------
Rotational spectrum
--------------------
Rotational constants in cm-1: 30.034947 13.330794 9.232857
Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602
Dipole components along the rotational axes:
x,y,z [a.u.] : 0.000000 -0.812912 0.000000
x,y,z [Debye]: 0.000000 -2.066259 0.000000
Timings for individual modules:
Sum of individual times ... 1.991 sec (= 0.033 min)
GTO integral calculation ... 0.619 sec (= 0.010 min) 31.1 %
SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
Recuerde que es importante:
- Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
- Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
- ORCA solo puede correr en 1 nodo
