https://wiki.nlhpc.cl/index.php?action=history&feed=atom&title=AtChem2_con_SingularityAtChem2 con Singularity - Historial de revisiones2026-04-28T12:02:15ZHistorial de revisiones de esta página en la wikiMediaWiki 1.39.3https://wiki.nlhpc.cl/index.php?title=AtChem2_con_Singularity&diff=851&oldid=prevEosorio: Página creada con «== Introducción == El siguiente procedimiento muestra los pasos necesarios para utilizar '''AtChem2''' utilizando un contenedor mediante '''SingularityCE'''. Considere que los pasos que se muestran a continuación son una guía básica para que pueda ejecutar sus aplicaciones, por lo que modificaciones y configuraciones personalizadas deben ser realizadas por el lector. == Descarga de AtChem2 == === Descarga de código fuente === Descargaremos bajo nuestro usuario…»2024-11-29T13:54:08Z<p>Página creada con «== Introducción == El siguiente procedimiento muestra los pasos necesarios para utilizar '''AtChem2''' utilizando un contenedor mediante '''SingularityCE'''. Considere que los pasos que se muestran a continuación son una guía básica para que pueda ejecutar sus aplicaciones, por lo que modificaciones y configuraciones personalizadas deben ser realizadas por el lector. == Descarga de AtChem2 == === Descarga de código fuente === Descargaremos bajo nuestro usuario…»</p>
<p><b>Página nueva</b></p><div>== Introducción ==<br />
El siguiente procedimiento muestra los pasos necesarios para utilizar '''AtChem2''' utilizando un contenedor mediante '''SingularityCE'''.<br />
<br />
Considere que los pasos que se muestran a continuación son una guía básica para que pueda ejecutar sus aplicaciones, por lo que modificaciones y configuraciones personalizadas deben ser realizadas por el lector.<br />
<br />
== Descarga de AtChem2 ==<br />
=== Descarga de código fuente ===<br />
Descargaremos bajo nuestro usuario el código de AtChem2 utilizando:<br />
<br />
git clone https://github.com/AtChem/AtChem2.git<br />
<br />
Esto creará en nuestro directorio una carpeta llamada <code>AtChem2</code>, la que utilizaremos para nuestro ejemplo.<br />
=== Descarga de contenedor ===<br />
Para descargar el contenedor de '''AtChem2''' deberemos ejecutar lo siguiente:<br />
<br />
ml purge<br />
ml intel/2022.00<br />
ml singularityCE<br />
singularity pull docker://ghcr.io/wacl-york/atchem2:1.2.2<br />
<br />
Veremos el progreso similar a:<br />
INFO: Converting OCI blobs to SIF format<br />
INFO: Starting build...<br />
Getting image source signatures<br />
Copying blob 9f247ea85df4 done <br />
Copying blob 24578b8a05d2 done <br />
Copying blob 9088cdb84e39 done <br />
Copying config 7fbde900a5 done <br />
Writing manifest to image destination<br />
Storing signatures<br />
2024/11/29 10:12:17 info unpack layer: sha256:9088cdb84e397c480d4c5f1675d1aa6928c3e8b5b30c57b68a756d5d1fda4d80<br />
2024/11/29 10:12:18 info unpack layer: sha256:24578b8a05d294f5a4174d182bbf2cf628f3617b73c3ab72e9f597b14b5a214f<br />
2024/11/29 10:12:19 info unpack layer: sha256:9f247ea85df42ee348a150e723b02ed14d0d205589ccccbf6bb5caa2a5d489ed<br />
INFO: Creating SIF file...<br />
<br />
<br />
Esto dejará en nuestro directorio el archivo contenedor <code>atchem2_1.2.2.sif</code> disponible para su uso.<br />
<br />
=== Qué tenemos hasta el momento ===<br />
Si hemos estado trabajando en nuestra carpeta principal, actualmente tendremos:<br />
<br />
AtChem2<br />
atchem2_1.2.2.sif<br />
<br />
== Ejecución de prueba de AtChem2 ==<br />
<br />
Para realizar una prueba de ejecución de '''AtChem2''' mediante '''Singularity''' ejecutaremos:<br />
<br />
cd AtChem2<br />
singularity run --bind model:/data_transfer ~/atchem2_1.2.2.sif model/mechanism.fac<br />
<br />
Si todo funciona de manera adecuada veremos (se ha eliminado texto, y solo se muestra una parte inicial y final):<br />
INFO: Converting SIF file to temporary sandbox...<br />
<br />
* facsimile mechanism file: model/mechanism.fac<br />
* fortran mechanism directory [ default = ./model/configuration/ ]:<br />
* mcm data files directory [ default = ./mcm/ ]:<br />
<br />
...<br />
<br />
make sharedlib<br />
gfortran -c model/configuration/customRateFuncs.f90 -ffree-line-length-none -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -Wno-unused-dummy-argument -fcheck=all -fPIC -shared -o model/configuration/customRateFuncs.o -Jobj<br />
gfortran -c model/configuration/mechanism.f90 -ffree-line-length-none -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -Wno-unused-dummy-argument -fcheck=all -fPIC -shared -o model/configuration/mechanism.o -Jobj<br />
gfortran -shared -o model/configuration/mechanism.so model/configuration/mechanism.o model/configuration/customRateFuncs.o<br />
=> shared library directory: ./model/configuration/<br />
<br />
make atchem2 executable<br />
gfortran -o atchem2 -Jobj -Iobj src/dataStructures.f90 src/argparse.f90 src/interpolationFunctions.f90 src/configFunctions.f90 src/inputFunctions.f90 src/outputFunctions.f90 src/atmosphereFunctions.f90 src/solarFunctions.f90 src/constraintFunctions.f90 src/solverFunctions.f90 src/parameterModules.f90 src/atchem2.f90 -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -fcheck=all -fPIC -O2 -L/atchem-lib/cvode/lib -L/atchem-lib/openlibm-0.8.1 -Wl,-R,/usr/lib/:/atchem-lib/cvode/lib:/atchem-lib/openlibm-0.8.1 -lopenlibm -lsundials_fcvode -lsundials_cvode -lsundials_fnvecserial -lsundials_nvecserial -ldl<br />
src/inputFunctions.f90:1081:0:<br />
<br />
...<br />
<br />
-------------<br />
Directories<br />
-------------<br />
Model directory is: model<br />
Output directory is: model/output<br />
Reaction Rates directory is: model/output/reactionRates<br />
Configuration directory is: model/configuration<br />
Constraints directory is: model/constraints<br />
Environment Constraints directory is: model/constraints/environment<br />
Photolysis Constraints directory is: model/constraints/photolysis<br />
Species Constraints directory is: model/constraints/species<br />
MCM directory is: mcm<br />
Shared library is: model/configuration/mechanism.so<br />
<br />
...<br />
<br />
------------------<br />
Final statistics<br />
------------------<br />
No. steps = 603 No. f-s = 699 No. J-s = 1003 No. LU-s = 100<br />
No. nonlinear iterations = 696<br />
No. nonlinear convergence failures = 0<br />
No. error test failures = 28<br />
<br />
Runtime = 0<br />
Deallocating memory.<br />
INFO: Cleaning up image...<br />
<br />
Esto nos muestra que se ha logrado ejecutar el contenedor con el archivo de entrada '''model/mechanism.fac'''.<br />
<br />
== Ejecución como tarea Slurm ==<br />
<br />
Si lo anterior lo deseamos ejecutar en un nodo de cómputo, podemos utilizar un script similar a:<br />
<br />
#!/bin/bash<br />
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------<br />
#SBATCH -J AtChem_JOB<br />
#SBATCH -p general<br />
#SBATCH -n 1<br />
#SBATCH -c 1<br />
#SBATCH --mem-per-cpu=1000<br />
#SBATCH --mail-user=lcastilloelmes@gmail.com<br />
#SBATCH --mail-type=ALL<br />
#SBATCH -o AtChem_JOB_%j.out<br />
<br />
ml purge<br />
ml singularityCE<br />
<br />
cd AtChem2<br />
singularity run --bind model:/data_transfer ~/atchem2_1.2.2.sif model/mechanism.fac<br />
<br />
Es importante destacar qué la carpeta '''AtChem2/model''' debe contener:<br />
<br />
* los archivos '''*.fac''',<br />
* el directorio '''configuration'''<br />
* el directorio '''constraints'''<br />
<br />
De esta manera podrá editar configuraciones y restricciones para sus simulaciones.<br />
<br />
En el caso de requerir más recursos, recuerde que puede utilizar nuestro [https://wiki.nlhpc.cl/Generador%20Scripts Generador Scripts] para la edición de scripts.</div>Eosorio