CP2K - Historial de revisiones

Eosorio: Se reemplaza el uso de partición slim por General. Este cambio incluye los cambios de valores en los parámetros de procesos, agrupación de tareas y memoria.

2024-02-27T20:03:51Z

Se reemplaza el uso de partición slim por General. Este cambio incluye los cambios de valores en los parámetros de procesos, agrupación de tareas y memoria.

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Línea 15:		Línea 15:
	#!/bin/bash		#!/bin/bash
	#SBATCH -J CP2K		#SBATCH -J CP2K
	#SBATCH -p ~~slims~~		#SBATCH -p general
	#SBATCH -n 20 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar.		#SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar.
	#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo.		#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo.
	#SBATCH -c 20 # Por cada proceso usa 20 hilos OpenMP.		#SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP.
	#SBATCH --mem-per-cpu=~~2300M~~		#SBATCH --mem-per-cpu=4363
	#SBATCH -o CP2K_%j.out		#SBATCH -o CP2K_%j.out
	#SBATCH -e CP2K_%j.err		#SBATCH -e CP2K_%j.err
Línea 25:		Línea 25:
	#SBATCH --mail-type=ALL		#SBATCH --mail-type=ALL

	export OMP_NUM_THREADS=20 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c.		export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c.

	module purge		module purge
Línea 35:		Línea 35:
	<big>Modo MPI puro</big>		<big>Modo MPI puro</big>
	<pre>		<pre>

	#!/bin/bash		#!/bin/bash
	#SBATCH -J CP2K		#SBATCH -J CP2K
	#SBATCH -p ~~slims~~		#SBATCH -p general
	#SBATCH -n ~~400~~		#SBATCH -n 220
	#SBATCH --ntasks-per-node=20 # 20 procesos MPI por nodo.		#SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo.
	#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea.		#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea.
	#SBATCH --mem-per-cpu=~~2300M~~		#SBATCH --mem-per-cpu=4363
	#SBATCH -o CP2K_%j.out		#SBATCH -o CP2K_%j.out
	#SBATCH -e CP2K_%j.err		#SBATCH -e CP2K_%j.err

Administrador: /* Modulos */

2022-09-05T21:22:44Z

Modulos

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Línea 5:		Línea 5:
	== Modulos ==		== Modulos ==
	[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]		[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]
	* CP2K/7.0
			* CP2K/7.0

	== Ejemplo de Lanzador ==		== Ejemplo de Lanzador ==

Administrador: Página creada con «== ¿Qué es? == CP2K es un software opensource para simulaciones químicas. == Modulos == [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] * CP2K/7.0 == Ejemplo de Lanzador == Eje…»

2022-09-05T21:21:52Z

Página creada con «== ¿Qué es? == CP2K es un software opensource para simulaciones químicas. == Modulos == [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] * CP2K/7.0 == Ejemplo de Lanzador == Eje…»

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== ¿Qué es? ==

CP2K es un software opensource para simulaciones químicas.

== Modulos ==
[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]
* CP2K/7.0

== Ejemplo de Lanzador ==
Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:

Modo psmp "paralelismo híbrido MPI-OpenMP"
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 20 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar.
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo.
#SBATCH -c 20 # Por cada proceso usa 20 hilos OpenMP.
#SBATCH --mem-per-cpu=2300M
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

export OMP_NUM_THREADS=20 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c.

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp
</pre>

<big>Modo MPI puro</big>
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 400
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # 20 procesos MPI por nodo.
#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea.
#SBATCH --mem-per-cpu=2300M
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp
</pre>

== Referencias ==
* [https://www.cp2k.org/ CP2K]