ORCA - Historial de revisiones

Eosorio: Se corrige indicación de nombre de partición, ya que la partición utilizada es General

2024-02-27T18:44:43Z

Se corrige indicación de nombre de partición, ya que la partición utilizada es General

← Revisión anterior		Revisión del 18:44 27 feb 2024
Línea 48:		Línea 48:

	== Ejemplo de Lanzador ==		== Ejemplo de Lanzador ==
	A continuación se presenta un ejemplo para utilizar '''ORCA''' desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición ~~SLIMS~~.		A continuación se presenta un ejemplo para utilizar '''ORCA''' desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición '''general'''.

	Se carga el módulo por defecto, pero el usuario puede cargar la versión de '''ORCA''' que estime necesaria.		Se carga el módulo por defecto, pero el usuario puede cargar la versión de '''ORCA''' que estime necesaria.

Eosorio: /* Referencias */

2023-11-15T17:36:40Z

Referencias

← Revisión anterior		Revisión del 17:36 15 nov 2023
Línea 139:		Línea 139:
	== Referencias ==		== Referencias ==
	[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]		[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]

	[https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/orca-common-errors-and-problems ORCA Common Errors and Problems]		[https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/orca-common-errors-and-problems ORCA Common Errors and Problems]

Eosorio: /* Referencias */

2023-11-15T17:36:31Z

Referencias

← Revisión anterior		Revisión del 17:36 15 nov 2023
Línea 139:		Línea 139:
	== Referencias ==		== Referencias ==
	[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]		[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]
			[https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/orca-common-errors-and-problems ORCA Common Errors and Problems]

Eosorio: /* Ejemplo de Lanzador */

2022-11-14T15:52:10Z

Ejemplo de Lanzador

← Revisión anterior		Revisión del 15:52 14 nov 2022
Línea 48:		Línea 48:

	== Ejemplo de Lanzador ==		== Ejemplo de Lanzador ==
	A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.		A continuación se presenta un ejemplo para utilizar '''ORCA''' desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.

			Se carga el módulo por defecto, pero el usuario puede cargar la versión de '''ORCA''' que estime necesaria.

	Nuestra tarea llamda '''mi_orca.job''' tiene el siguiente contenido:		Nuestra tarea llamda '''mi_orca.job''' tiene el siguiente contenido:

Eosorio: /* Modulos */

2022-11-14T15:41:01Z

Modulos

← Revisión anterior		Revisión del 15:41 14 nov 2022
Línea 45:		Línea 45:
	</pre>		</pre>

	Para otros ejemplos en el uso de ml para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]		Para otros ejemplos en el uso de '''ml''' para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]

	== Ejemplo de Lanzador ==		== Ejemplo de Lanzador ==

Eosorio: /* Ejemplo de Lanzador */

2022-11-14T15:40:41Z

Ejemplo de Lanzador

← Revisión anterior		Revisión del 15:40 14 nov 2022
Línea 58:		Línea 58:
	#SBATCH -n 1		#SBATCH -n 1
	#SBATCH -c 1		#SBATCH -c 1
	#SBATCH --mem-per-cpu=~~4250~~		#SBATCH --mem-per-cpu=4000
	#SBATCH --mail-user=foo@example.com		#SBATCH --mail-user=foo@example.com
	#SBATCH --mail-type=ALL		#SBATCH --mail-type=ALL
Línea 64:		Línea 64:
	#SBATCH -e example_%j.err		#SBATCH -e example_%j.err

	ml ORCA~~/4.2.0-OpenMPI-3.1.4~~		ml ORCA
	${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file		${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file
	</pre>		</pre>

Eosorio: /* Modulos */

2022-11-14T15:37:48Z

Modulos

← Revisión anterior		Revisión del 15:37 14 nov 2022
Línea 45:		Línea 45:
	</pre>		</pre>

	Para otros ejemplos en el uso de ~~```~~ml~~```~~ para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]		Para otros ejemplos en el uso de ml para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]

	== Ejemplo de Lanzador ==		== Ejemplo de Lanzador ==

Eosorio: Se modifica el listado de Orca disponible en el cluster

2022-11-14T15:37:08Z

Se modifica el listado de Orca disponible en el cluster

@@ Línea 3: / Línea 3: @@
 == Modulos ==
-Se encuentra disponible slims:
+Para ver las distintas versiones de ORCA disponibles puede ejecutar el siguiente comando:
-[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]
+<pre>
-* ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
+ml spider ORCA
-* ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
+</pre>
-* ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
 == Ejemplo de Lanzador ==

Administrador: /* Ejemplo de Lanzador */

2022-08-30T20:44:46Z

Ejemplo de Lanzador

← Revisión anterior		Revisión del 20:44 30 ago 2022
Línea 48:		Línea 48:
	Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado '''output_file''' con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):		Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado '''output_file''' con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):

			<pre>

	*****************		*****************
Línea 90:		Línea 91:
	SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %		SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %
	**ORCA TERMINATED NORMALLY**		**ORCA TERMINATED NORMALLY**
			</pre>
	Recuerde que es importante:		Recuerde que es importante:

Línea 95:		Línea 97:
	* Asignación de memoria según requerimientos de su tarea		* Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
	* ORCA solo puede correr en 1 nodo		* ORCA solo puede correr en 1 nodo

	== Referencias ==		== Referencias ==
	[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]		[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]

Administrador: Página creada con «== ¿Qué es? == ORCA es un programa para química computacional. == Modulos == Se encuentra disponible slims: [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] * ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.…»

2022-08-30T20:43:50Z

Página creada con «== ¿Qué es? == ORCA es un programa para química computacional. == Modulos == Se encuentra disponible slims: [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] * ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.…»

Página nueva

== ¿Qué es? ==
ORCA es un programa para química computacional.

== Modulos ==
Se encuentra disponible slims:

[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]
* ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
* ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
* ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4

== Ejemplo de Lanzador ==
A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.

Nuestra tarea llamda '''mi_orca.job''' tiene el siguiente contenido:
<pre>
#!/bin/bash
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
#SBATCH -J example
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4250
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o example_%j.out
#SBATCH -e example_%j.err

ml ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file
</pre>
Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:
<pre>
!HF DEF2-SVP
%SCF
MAXITER 500
END
* xyz 0 1
O 0.0000 0.0000 0.0626
H -0.7920 0.0000 -0.4973
H 0.7920 0.0000 -0.4973
*
</pre>
Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:

<pre>sbatch mi_orca.job</pre>

Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado '''output_file''' con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):

*****************
* O R C A *
*****************

--- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---

#######################################################
# -***- #
# Department of theory and spectroscopy #
# Directorship: Frank Neese #
# Max Planck Institute fuer Kohlenforschung #
# Kaiser Wilhelm Platz 1 #
# D-45470 Muelheim/Ruhr #
# Germany #
# #
# All rights reserved #
# -***- #
#######################################################
...
...
...

--------------------
Rotational spectrum
--------------------

Rotational constants in cm-1: 30.034947 13.330794 9.232857
Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602

Dipole components along the rotational axes:
x,y,z [a.u.] : 0.000000 -0.812912 0.000000
x,y,z [Debye]: 0.000000 -2.066259 0.000000

Timings for individual modules:

Sum of individual times ... 1.991 sec (= 0.033 min)
GTO integral calculation ... 0.619 sec (= 0.010 min) 31.1 %
SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
Recuerde que es importante:

* Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
* Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
* ORCA solo puede correr en 1 nodo
== Referencias ==
[https://orcaforum.cec.mpg.de/ ORCA]