Eosorio en 20:52 5 nov 2025

2025-11-05T20:52:00Z

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	* Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU		* Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU

	~~<code>~~
	~~#!/bin/bash~~

	#SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos		#!/bin/bash
	#SBATCH -p main
	#SBATCH -n 1		#SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos
	#SBATCH -c 10		#SBATCH -p main
	#SBATCH --mem-per-cpu=4000		#SBATCH -n 1
	#SBATCH --array=1-5		#SBATCH -c 10
	#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out		#SBATCH --mem-per-cpu=4000
	#SBATCH -e ustacks_%A_%a.err		#SBATCH --array=1-5
			#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out
	ml purge		#SBATCH -e ustacks_%A_%a.err
	ml intel/2022.00
	ml Stacks/2.68		ml purge
			ml intel/2022.00
	export OMP_PLACES=cores		ml Stacks/2.68

	file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)		export OMP_PLACES=cores
	sample=$(echo "$file" \| cut -d'.' -f1)
			file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)
	# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.		sample=$(echo "$file" \| cut -d'.' -f1)
	ustacks -f $file \
	-o ${sample}.out \		# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.
	--force-diff-len \		ustacks -f $file \
	-i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \		-o ${sample}.out \
	--name $sample -M 2 -p 10		--force-diff-len \
	~~</code>~~		-i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \
			--name $sample -M 2 -p 10

Eosorio: Página creada con «'''Prueba de Concepto''' El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar. Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos: MA01.fq.gz MA02.fq.gz MG01.fq.gz AB01.fq.gz AB03.fq.gz Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt''' Se ejecutará una tarea que: * Debe ser un Job Array * Cada instancia debe procesar un archivo * Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU `#!/bin/bash #SBATCH -J ustac…»`


2025-11-05T20:50:49Z
Página creada con «'''Prueba de Concepto'''  El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.  Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:   MA01.fq.gz  MA02.fq.gz  MG01.fq.gz  AB01.fq.gz  AB03.fq.gz  Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt'''  Se ejecutará una tarea que: * Debe ser un Job Array * Cada instancia debe procesar un archivo * Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU  <code> #!/bin/bash  #SBATCH -J ustac…»
Página nueva
'''Prueba de Concepto'''



El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.



Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:



 MA01.fq.gz

 MA02.fq.gz

 MG01.fq.gz

 AB01.fq.gz

 AB03.fq.gz



Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt'''



Se ejecutará una tarea que:

* Debe ser un Job Array

* Cada instancia debe procesar un archivo

* Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU



<code>

#!/bin/bash



#SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos

#SBATCH -p main

#SBATCH -n 1

#SBATCH -c 10

#SBATCH --mem-per-cpu=4000

#SBATCH --array=1-5

#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out

#SBATCH -e ustacks_%A_%a.err



ml purge

ml intel/2022.00

ml Stacks/2.68



export OMP_PLACES=cores



file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)

sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1)



# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.

ustacks -f $file \

        -o ${sample}.out \

        --force-diff-len \

        -i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \

        --name $sample -M 2 -p 10

</code>

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