Uso Filesystem Local - Historial de revisiones

Jmorales: /* Pasos a seguir */

2024-05-03T13:50:02Z

Pasos a seguir

← Revisión anterior		Revisión del 13:50 3 may 2024
Línea 18:		Línea 18:
	#!/bin/bash		#!/bin/bash
	#SBATCH -J ejemplo		#SBATCH -J ejemplo
	#SBATCH -p ~~slims~~		#SBATCH -p main
	#SBATCH -n 1		#SBATCH -n 1
	#SBATCH -c 1		#SBATCH -c 1
Línea 45:		Línea 45:
	</pre>		</pre>

	En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición '''~~slims~~'''.		En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición '''main'''.

	El comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''.		El comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''.

Eosorio: /* Pasos a seguir */

2022-12-06T16:02:27Z

Pasos a seguir

← Revisión anterior		Revisión del 16:02 6 dic 2022
Línea 59:		Línea 59:
	Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.		Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.

	Una vez que la tarea haya finalizado, [[~~https://wiki.nlhpc.cl/~~SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS SLURM]] eliminará las carpetas y el contenido de '''/tmp'''.		Una vez que la tarea haya finalizado, [[SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS\|SLURM]] eliminará las carpetas y el contenido de '''/tmp'''.

	== Consideraciones ==		== Consideraciones ==

Eosorio: /* Pasos a seguir */

2022-12-06T16:01:10Z

Pasos a seguir

← Revisión anterior		Revisión del 16:01 6 dic 2022
Línea 57:		Línea 57:
	Una vez que haya finalizado la tarea, es importante que el usuario almacene en su carpeta '''personal''' los resultados obtenidos, para eso se copia el archivo obtenido a su carpeta personal.		Una vez que haya finalizado la tarea, es importante que el usuario almacene en su carpeta '''personal''' los resultados obtenidos, para eso se copia el archivo obtenido a su carpeta personal.

	Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.		Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.

			Una vez que la tarea haya finalizado, [[https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS SLURM]] eliminará las carpetas y el contenido de '''/tmp'''.

	== Consideraciones ==		== Consideraciones ==

Eosorio en 15:56 6 dic 2022

2022-12-06T15:56:42Z

← Revisión anterior		Revisión del 15:56 6 dic 2022
Línea 3:		Línea 3:
	El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el '''filesystem local''' y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM.		El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el '''filesystem local''' y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM.

	Este uso está pensado para aplicaciones como '''Siesta''', '''Orca'', '''Gaussian''' entre otras.		Este uso está pensado para aplicaciones como '''Siesta''', '''Orca''', '''Gaussian''' entre otras.

	== Pasos a seguir ==		== Pasos a seguir ==

Eosorio en 15:55 6 dic 2022

2022-12-06T15:55:54Z

← Revisión anterior		Revisión del 15:55 6 dic 2022
Línea 58:		Línea 58:

	Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.		Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.

			== Consideraciones ==

			El lector debe considerar qué el ''script'' presentado en la sección anterior es un ejemplo y deberá realizar las modificaciones necesarias para:

			* Crear una carpeta con la variable $SLURM_JOB_ID permite que no exista conflicto de nombres con otras posibles carpetas ya existentes
			* Cargar los módulos y librerías específicas a su necesidad
			* Puede copiar archivos y/o carpetas de manera particular y/o recursiva según corresponda
			* Ejecutar la aplicación que requiera, indicando el/los comando/s necesarios según el módulo cargado anteriormente
			* Deberá copiar ''de regreso'' los resultados obtenidos a su carpeta personal para evitar pérdida de datos obtenidos

	== Enlaces ==		== Enlaces ==

Eosorio: /* Pasos a seguir */

2022-12-06T15:50:34Z

Pasos a seguir

← Revisión anterior		Revisión del 15:50 6 dic 2022
Línea 47:		Línea 47:
	En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición '''slims'''.		En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición '''slims'''.

	el comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''.		El comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''.

	Posterior a eso, se creará una carpeta bajo '''/tmp''' que tendrá como nombre el '''Job ID''' de su tarea, y se copiará la carpeta '''mis_archivos''' a la nueva carpeta creada.		Posterior a eso, se creará una carpeta bajo '''/tmp''' que tendrá como nombre el '''Job ID''' de su tarea, y se copiará la carpeta '''mis_archivos''' a la nueva carpeta creada.

	~~En este punto el lector podrá notar que puede copiar:~~

	* Carpetas
	* Carpetas de manera recursiva
	* Archivos independientes

	~~según sea la necesidad que tenga para la ejecución de sus tareas.~~

	Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el '''filesystem''' local.		Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el '''filesystem''' local.

Eosorio: Página creada con «== Introducción == El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el '''filesystem local''' y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM. Este…»

2022-12-06T15:48:27Z

Página creada con «== Introducción == El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el '''filesystem local''' y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM. Este…»

Página nueva

== Introducción ==

El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el '''filesystem local''' y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM.

Este uso está pensado para aplicaciones como '''Siesta''', '''Orca'', '''Gaussian''' entre otras.

== Pasos a seguir ==

Para considerar el uso del '''filesystem local''', es necesario comprender qué debemos hacer:

# Copiar nuestros archivos desde nuestra carpeta personal a un directorio local
# Ejecutar nuestra simulación
# Copiar los resultados del directorio local a nuestra carpeta personal

Con esto en mente, se puede realizar un script similar a:

<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH -J ejemplo
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o ejemplo_%j.out
#SBATCH -e ejemplo_%j.err

# Carga de módulos necesarios
ml MODULO

# Creación de carpeta local
LOCAL_DIR="/tmp/${SLURM_JOB_ID}"
mkdir $LOCAL_DIR

# Copiamos nuestros archivos o carpeta al directorio creado
cp -r $HOME/mis_archivos/ $LOCAL_DIR
cd $LOCAL_DIR/mis_archivos

# Ejecutamos nuestra simulación
srun aplicación mi_input > mi_output

# Copiamos los resultados obtenidos a nuestra carpeta de origen
cp -r mi_output $LOCAL_DIR/mis_archivos
</pre>

En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición '''slims'''.

el comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''.

Posterior a eso, se creará una carpeta bajo '''/tmp''' que tendrá como nombre el '''Job ID''' de su tarea, y se copiará la carpeta '''mis_archivos''' a la nueva carpeta creada.

En este punto el lector podrá notar que puede copiar:

* Carpetas
* Carpetas de manera recursiva
* Archivos independientes

según sea la necesidad que tenga para la ejecución de sus tareas.

Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el '''filesystem''' local.

Posterior a eso, se ejecutará la aplicación según el módulo cargado (en este ejemplo llamado '''srun aplicación'''), el cual almacenará el resultado obtenido en el archivo '''mi_output'''.

Una vez que haya finalizado la tarea, es importante que el usuario almacene en su carpeta '''personal''' los resultados obtenidos, para eso se copia el archivo obtenido a su carpeta personal.

Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.

== Enlaces ==

Puede ver ejemplos del uso de este procedimiento en otras páginas de la wiki como por ejemplo:

* [[Siesta]]
* [[MATLAB_Distrib_Computing]]