Uso de conda - Historial de revisiones

Eosorio: /* Carga de módulo */

2025-12-01T11:47:11Z

Carga de módulo

← Revisión anterior		Revisión del 11:47 1 dic 2025
Línea 28:		Línea 28:

	ml purge		ml purge
	~~ml aocc~~
	ml miniconda3/24.3.0-zen4-h		ml miniconda3/24.3.0-zen4-h

Eosorio: /* Módulos para Conda */

2025-12-01T11:46:57Z

Módulos para Conda

← Revisión anterior		Revisión del 11:46 1 dic 2025
Línea 7:		Línea 7:
	= Módulos para Conda =		= Módulos para Conda =

	Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de '''Conda'''.		Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de '''Conda'''. Puede cargar sencillamente el módulo más reciente ejecutando:

	~~== Para particiones '''general''' y '''largemem''' ==~~		ml miniconda3

	~~Anaconda2/5.3.0~~		Si desea una versión específico puede cargar:
	~~Anaconda3/5.1.0~~
	~~Anaconda3/5.3.0~~
	~~Anaconda3/2020.02~~
	~~Miniconda2/4.7.10~~
	~~Miniconda3/4.5.12~~

	~~== Para particiones '''debug''' y '''main''' ==~~		ml miniconda3/24.3.0-zen4-h

	miniconda3/24.3.0-zen4-h

	Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>miniconda3/24.3.0-zen4-h</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.		Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>miniconda3/24.3.0-zen4-h</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.

Eosorio: /* Eliminación de Conda y del entorno */

2024-09-03T19:51:12Z

Eliminación de Conda y del entorno

← Revisión anterior		Revisión del 19:51 3 sep 2024
Línea 198:		Línea 198:
	# >>> conda initialize >>>		# >>> conda initialize >>>
	# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!		# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
	__conda_setup="$('/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"		__conda_setup="$('/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
	if [ $? -eq 0 ]; then		if [ $? -eq 0 ]; then
	eval "$__conda_setup"		eval "$__conda_setup"
	else		else
	if [ -f "/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then		if [ -f "/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
	. "/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh"		. "/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/etc/profile.d/conda.sh"
	else		else
	export PATH="/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/bin:$PATH"		export PATH="/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/bin:$PATH"
	fi		fi
	fi		fi
	unset __conda_setup		unset __conda_setup
	# <<< conda initialize <<<		# <<< conda initialize <<<

	</pre>		</pre>

Eosorio: /* Carga de módulo */

2024-09-03T19:48:07Z

Carga de módulo

← Revisión anterior		Revisión del 19:48 3 sep 2024
Línea 30:		Línea 30:
	== Carga de módulo ==		== Carga de módulo ==

	Cargaremos el módulo <code>~~Miniconda3~~/4.5.12</code>.		Cargaremos el módulo <code>miniconda3/24.3.0-zen4-h</code>.

	Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.		Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.

	ml purge		ml purge
	ml ~~intel/2022.00~~		ml aocc
	ml ~~Miniconda3~~/4.9.2		ml miniconda3/24.3.0-zen4-h

	== Activación de Conda ==		== Activación de Conda ==

Eosorio: /* Para particiones debug y main */

2024-09-03T19:47:44Z

Para particiones debug y main

← Revisión anterior		Revisión del 19:47 3 sep 2024
Línea 22:		Línea 22:
	miniconda3/24.3.0-zen4-h		miniconda3/24.3.0-zen4-h

	Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>~~Miniconda3~~/4.5.12</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.		Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>miniconda3/24.3.0-zen4-h</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.

	= Carga de módulo y activación inicial de Conda =		= Carga de módulo y activación inicial de Conda =

Eosorio: /* Activación de Conda */

2024-09-03T19:47:20Z

Activación de Conda

← Revisión anterior		Revisión del 19:47 3 sep 2024
Línea 50:		Línea 50:
	# >>> conda initialize >>>		# >>> conda initialize >>>
	# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!		# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
	__conda_setup="$('/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"		__conda_setup="$('/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
	if [ $? -eq 0 ]; then		if [ $? -eq 0 ]; then
	eval "$__conda_setup"		eval "$__conda_setup"
	else		else
	if [ -f "/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then		if [ -f "/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
	. "/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh"		. "/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/etc/profile.d/conda.sh"
	else		else
	export PATH="/home/~~lmod~~/~~software~~/~~Miniconda3~~/4.9.2/bin:$PATH"		export PATH="/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/miniconda3-24.3.0-h5ocuzzvejq6feasdmjmtv4iw5gyt5a2/bin:$PATH"
	fi		fi
	fi		fi

Eosorio: /* Módulos para Conda */

2024-09-03T19:45:53Z

Módulos para Conda

← Revisión anterior		Revisión del 19:45 3 sep 2024
Línea 8:		Línea 8:

	Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de '''Conda'''.		Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de '''Conda'''.

			== Para particiones '''general''' y '''largemem''' ==

	Anaconda2/5.3.0		Anaconda2/5.3.0
Línea 15:		Línea 17:
	Miniconda2/4.7.10		Miniconda2/4.7.10
	Miniconda3/4.5.12		Miniconda3/4.5.12

			== Para particiones '''debug''' y '''main''' ==

			miniconda3/24.3.0-zen4-h

	Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>Miniconda3/4.5.12</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.		Para nuestro ejemplo utilizaremos <code>Miniconda3/4.5.12</code>, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.

Eosorio: /* Uso de entornos conda con scripts Sbatch */

2024-07-19T19:10:06Z

Uso de entornos conda con scripts Sbatch

← Revisión anterior		Revisión del 19:10 19 jul 2024
Línea 157:		Línea 157:
	#SBATCH --mail-type=ALL		#SBATCH --mail-type=ALL
	#SBATCH -o conda_test_%j.out		#SBATCH -o conda_test_%j.out

			#Cargamos módulos de ser necesario
			ml ...

			#Activamos entorno CONDA
	eval "$(conda shell.bash hook)"		eval "$(conda shell.bash hook)"
	conda activate mi_primer_entorno		conda activate mi_primer_entorno

	... mis comandos...		... mis comandos...

			Es importante destacar que la activación del entorno conda '''debe''' realizarse después del uso de cualquier comando <code>ml</code>, ya que la carga de módulos puede afectar a la activación del entorno virtual.

	= Eliminación de Conda y entornos virtuales =		= Eliminación de Conda y entornos virtuales =

Eosorio: /* Eliminación de Conda y del entorno */

2024-05-17T13:11:05Z

Eliminación de Conda y del entorno

← Revisión anterior		Revisión del 13:11 17 may 2024
Línea 181:		Línea 181:
	Para eliminar el uso de Conda de nuestro archivo debemos editar nuestro archivo <code>~/.bashrc</code> y '''eliminar''' el contenido similar a:		Para eliminar el uso de Conda de nuestro archivo debemos editar nuestro archivo <code>~/.bashrc</code> y '''eliminar''' el contenido similar a:

	# >>> conda initialize >>>		<pre>
	# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!		# >>> conda initialize >>>
	__conda_setup="$('/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"		# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
	if [ $? -eq 0 ]; then		__conda_setup="$('/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
	eval "$__conda_setup"		if [ $? -eq 0 ]; then
	else		eval "$__conda_setup"
	if [ -f "/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then		else
	. "/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh"		if [ -f "/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
	else		. "/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/etc/profile.d/conda.sh"
	export PATH="/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/bin:$PATH"		else
	fi		export PATH="/home/lmod/software/Miniconda3/4.9.2/bin:$PATH"
	fi		fi
	unset __conda_setup		fi
	# <<< conda initialize <<<		unset __conda_setup
			# <<< conda initialize <<<
			</pre>

	Se debe guardar los cambios y salir de la sesión.		Se debe guardar los cambios y salir de la sesión.

Eosorio: /* Activación de Conda */

2024-05-17T13:10:12Z

Activación de Conda

← Revisión anterior		Revisión del 13:10 17 may 2024
Línea 41:		Línea 41:
	Este comando editará su archivo <code>~/.bashrc</code> con un contenido similar a:		Este comando editará su archivo <code>~/.bashrc</code> con un contenido similar a:

			<pre>
	# >>> conda initialize >>>		# >>> conda initialize >>>
	# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!		# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
Línea 56:		Línea 56:
	unset __conda_setup		unset __conda_setup
	# <<< conda initialize <<<		# <<< conda initialize <<<
			</pre>