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De NLHPC
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== Información para nuevos usuarios ==
== ¿Qué es? ==
Esta es la wiki de usuarios de Leftraru, el clúster HPC del NLHPC. Aquí encontrará información útil para:


* Ingresar al clúster
MATLAB (abreviatura de MATrix LABoratory, "laboratorio de matrices") es una herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado (IDE) con un lenguaje de programación propio (lenguaje M).
* Descripción del hardware
* Lanzar tareas en el gestor de recursos Slurm
* Preguntas Frecuentes
* Para más información puede visitar [https://wiki.nlhpc.cl/Informaci%C3%B3n_para_nuevos_usuarios Aquí]


== Recursos computacionales de leftraru ==
== Modulos ==
Leftraru cuenta actualmente con 5 particiones: general, largemem, gpus, slims y debug.
Se encuentra disponible con el nombre '''Matlab/2017''' y el runtime esta agregado como '''MCR/R2017a''' en todas las particiones de leftraru.


Las caracterísiticas de estas particiones pueden encontrarse en [https://wiki.nlhpc.cl/Recursos_Computacionales_NLHPC Recursos Computacionales NLHPC]
== Ejemplo SBATCH para [https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS#SLURM_Workload_Manager SLURM] ==
<pre>
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ejemplo
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=%j_%x.out
#SBATCH --error=%j_%x.err
#SBATCH --partition=slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --license=matlab #agregar si se va a ocupar MATLAB


== Creación de cuentas ==
ml Matlab/2017
El proceso de creación de cuentas es relativamente fácil. Para poder crear una cuenta debe seguir las instrucciones del siguiente [http://www.nlhpc.cl/es/servicios enlace] y luego postular a una cuenta rellenando información en un formulario online.


== Software instalado en el Clúster ==
matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop < ejemplo.m
Leftraru cuenta con una amplia gama de software.
</pre>
(Sin paralelización)


Para saber el software que está instalado en nuestro clúster, vaya al siguiente link: [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod]
== Licencias ==
Existen 50 licencias disponibles para el uso de MATLAB proporcionadas por el [http://www.cmm.uchile.cl/ CMM], pero es posible evitar esta restricción de licencias creando una [https://wiki.nlhpc.cl/MATLAB_Compilaci%C3%B3n compilación standalone] con el Toolbox Compiler. El gestor de recursos cancelara las tareas que no indiquen las licencias en el script SBATCH, todo esto para favorecer el uso entre los distintos usuarios.


Tenga en cuenta que el NLHPC no entrega licencias de software, por lo que es responsabilidad de cada usuario o grupo de usuarios el adquirir estas licencias.
== Toolbox ==
Tenemos disponibles los siguientes toolbox con su respectiva cantidad de licencias.


== Accediendo a Leftraru ==
<p>&nbsp;</p>
Leftraru está basado en la distribución Centos Linux. Uiliza el protocolo [https://es.wikipedia.org/wiki/Secure_Shell SSH] para conectase remotamente. Puede conectarse a Leftraru en la siguiente dirección:


leftraru.nlhpc.cl
<table align="center" border="1" cellpadding="1" cellspacing="1" style="width:500px">
<tr>
<th scope="col">Nombre</th>
<th scope="col">Cantidad</th>
<th scope="col">Licencia Slurm</th>
</tr>
<tr>
<td>SIMULINK</td>
<td>2</td>
<td>matlab-simulink</td>
</tr>
<tr>
<td>Bioinformatics</td>
<td>1</td>
<td>matlab-bioinformatics</td>
</tr>
<tr>
<td>Control</td>
<td>20</td>
<td>matlab-control</td>
</tr>
<tr>
<td>Curve_Fitting</td>
<td>2</td>
<td>matlab-curve_fitting</td>
</tr>
<tr>
<td>Database</td>
<td>1</td>
<td>&nbsp;matlab-database</td>
</tr>
<tr>
<td>Econometrics</td>
<td>2</td>
<td>matlab-econometrics</td>
</tr>
<tr>
<td>Financial</td>
<td>2</td>
<td>matlab-financial</td>
</tr>
<tr>
<td>GADS</td>
<td>1</td>
<td>matlab-gads</td>
</tr>
<tr>
<td>Image</td>
<td>2</td>
<td>matlab-image</td>
</tr>
<tr>
<td>MATLAB_Coder</td>
<td>1</td>
<td>matlab-matlab_code</td>
</tr>
<tr>
<td>Compiler</td>
<td>1</td>
<td>matlab-compiler</td>
</tr>
<tr>
<td>Optimization</td>
<td>5</td>
<td>matlab-optimization</td>
</tr>
<tr>
<td>Distrib_Computing</td>
<td>2</td>
<td>matlab-distrib_computing</td>
</tr>
<tr>
<td>PDE</td>
<td>20</td>
<td>matlab-pde</td>
</tr>
<tr>
<td>Signal</td>
<td>2</td>
<td>matlab-signal</td>
</tr>
<tr>
<td>SimBiology</td>
<td>2</td>
<td>matlab-simbiology</td>
</tr>
<tr>
<td>Statistics</td>
<td>5</td>
<td>matlab-statistics</td>
</tr>
<tr>
<td>Identification</td>
<td>&nbsp;2 &nbsp;&nbsp;</td>
<td>&nbsp;matlab-identification</td>
</tr>
<tr>
<td>Wavelet</td>
<td>1</td>
<td>matlab-wavelet</td>
</tr>
</tbody>
</table>


Puede encontrar mayor información en [https://wiki.nlhpc.cl/Tutorial_de_acceso_a_Leftraru_via_SSH Tutorial de acceso a Leftraru via SSH]. Para facilitar la copia de archivos en Leftraru, vea el [https://wiki.nlhpc.cl/Tutorial_de_acceso_a_archivos Tutorial de acceso a archivos]
<p><br />
<br />
&nbsp;</p>


== Slurm, sistema de gestión de recursos ==
<p>&nbsp;</p>
Leftraru utiliza [https://slurm.schedmd.com/ Slurm] como gestor de recursos. Slurm provee de un framework para encolar trabajos, asignación de nodos de cómputo, reserva de tiempo de CPU, ejecución y gestión de trabajos dentro de clúster. Nuestros nodos de cómputo se encuentran agrupados en particiones, dentro de las cuales los usuarios pueden ejecutar sus trabajos dependiendo de sus necesidades.


Para ver más información acerca de cómo trabajar con Slurm en el clúster, por favor visite el tutorial de [https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS ejecución de tareas dentro de Leftaru.]
== Referencias ==
 
   
== Lustre, sistema de archivos distribuido ==
* [https://la.mathworks.com/help/matlab/language-fundamentals.html Language Fundamentals]
[https://es.wikipedia.org/wiki/Lustre_%28sistema_de_archivos%29 Lustre] es un conocido [https://es.wikipedia.org/wiki/Sistema_de_archivos_distribuido sistema de archivos distribuido] de alta disponibilidad que permite usar una red de computadores para construir un espacio de almacenamiento amplio, escalable y mantenible en el que se pueden definir cuotas de utilización por usuario.
* [http://www.cas.mcmaster.ca/~cs4te3/tutorials/matlab_toolbox_quickref.pdf MATLAB Toolbox Quickref]
 
* [http://walkingrandomly.com/?p=5343 Checkpointing MATLAB Programs]
Lustre es open source, pero debido a su envergadura y dificultad para constituirlo, se ha optado por contratar una solución privada (a la empresa [http://www.ddn.com/ DDN]) que incluye tanto infraestructura como configuraciones optimizadas de tal manera de contar con una opción de almacenamiento acorde a las necesidades del NLHPC.
 
'''Limitaciones y excepciones de Lustre:''' A pesar de tener muchas características sobresalientes, y en pos de aumentar el rendimiento de la lectura y escritura de archivos, Lustre no permite bloquear un archivo ([https://en.wikipedia.org/wiki/File_locking file locking] en inglés). Esto implica que muchos de los motores de bases de datos más conocidos (MySQL, Postgres, etc.) e incluso algunas aplicaciones que hacen uso de esta característica no funcionen o se caigan en su ejecución. Se recomienda realizar esa parte del trabajo en la partición /mnt/flock/usuario.
 
== Tutoriales ==
[https://wiki.nlhpc.cl/Tutorial_de_acceso_a_Leftraru_via_SSH Tutorial de acceso a Leftraru via SSH]
 
[https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS Ejecución de tareas dentro de Leftaru]
 
Presentación uso Leftraru
 
[https://wiki.nlhpc.cl/Escalamiento Escalamiento de Aplicaciones]
 
Monitoreo De Tareas
 
Documentación de temas relacionados con el software del clúster

Revisión del 20:23 7 sep 2022

¿Qué es?

MATLAB (abreviatura de MATrix LABoratory, "laboratorio de matrices") es una herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado (IDE) con un lenguaje de programación propio (lenguaje M).

Modulos

Se encuentra disponible con el nombre Matlab/2017 y el runtime esta agregado como MCR/R2017a en todas las particiones de leftraru.

Ejemplo SBATCH para SLURM

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ejemplo
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=%j_%x.out
#SBATCH --error=%j_%x.err
#SBATCH --partition=slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --license=matlab #agregar si se va a ocupar MATLAB

ml Matlab/2017

matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop < ejemplo.m

(Sin paralelización)

Licencias

Existen 50 licencias disponibles para el uso de MATLAB proporcionadas por el CMM, pero es posible evitar esta restricción de licencias creando una compilación standalone con el Toolbox Compiler. El gestor de recursos cancelara las tareas que no indiquen las licencias en el script SBATCH, todo esto para favorecer el uso entre los distintos usuarios.

Toolbox

Tenemos disponibles los siguientes toolbox con su respectiva cantidad de licencias.

 

</tbody>
Nombre Cantidad Licencia Slurm
SIMULINK 2 matlab-simulink
Bioinformatics 1 matlab-bioinformatics
Control 20 matlab-control
Curve_Fitting 2 matlab-curve_fitting
Database 1  matlab-database
Econometrics 2 matlab-econometrics
Financial 2 matlab-financial
GADS 1 matlab-gads
Image 2 matlab-image
MATLAB_Coder 1 matlab-matlab_code
Compiler 1 matlab-compiler
Optimization 5 matlab-optimization
Distrib_Computing 2 matlab-distrib_computing
PDE 20 matlab-pde
Signal 2 matlab-signal
SimBiology 2 matlab-simbiology
Statistics 5 matlab-statistics
Identification  2     matlab-identification
Wavelet 1 matlab-wavelet



 

 

Referencias

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