Ver el código de «AtChem2 con Singularity»

== Introducción ==
El siguiente procedimiento muestra los pasos necesarios para utilizar '''AtChem2''' utilizando un contenedor mediante '''SingularityCE'''.

Considere que los pasos que se muestran a continuación son una guía básica para que pueda ejecutar sus aplicaciones, por lo que modificaciones y configuraciones personalizadas deben ser realizadas por el lector.

== Descarga de AtChem2 ==
=== Descarga de código fuente ===
Descargaremos bajo nuestro usuario el código de AtChem2 utilizando:

 git clone https://github.com/AtChem/AtChem2.git

Esto creará en nuestro directorio una carpeta llamada <code>AtChem2</code>, la que utilizaremos para nuestro ejemplo.
=== Descarga de contenedor ===
Para descargar el contenedor de '''AtChem2''' deberemos ejecutar lo siguiente:

 ml purge
 ml intel/2022.00
 ml singularityCE
 singularity pull docker://ghcr.io/wacl-york/atchem2:1.2.2

Veremos el progreso similar a:
 INFO:    Converting OCI blobs to SIF format
 INFO:    Starting build...
 Getting image source signatures
 Copying blob 9f247ea85df4 done  
 Copying blob 24578b8a05d2 done  
 Copying blob 9088cdb84e39 done  
 Copying config 7fbde900a5 done  
 Writing manifest to image destination
 Storing signatures
 2024/11/29 10:12:17  info unpack layer: sha256:9088cdb84e397c480d4c5f1675d1aa6928c3e8b5b30c57b68a756d5d1fda4d80
 2024/11/29 10:12:18  info unpack layer: sha256:24578b8a05d294f5a4174d182bbf2cf628f3617b73c3ab72e9f597b14b5a214f
 2024/11/29 10:12:19  info unpack layer: sha256:9f247ea85df42ee348a150e723b02ed14d0d205589ccccbf6bb5caa2a5d489ed
 INFO:    Creating SIF file...


Esto dejará en nuestro directorio el archivo contenedor <code>atchem2_1.2.2.sif</code> disponible para su uso.

=== Qué tenemos hasta el momento ===
Si hemos estado trabajando en nuestra carpeta principal, actualmente tendremos:

 AtChem2
 atchem2_1.2.2.sif

== Ejecución de prueba de AtChem2 ==

Para realizar una prueba de ejecución de '''AtChem2''' mediante '''Singularity''' ejecutaremos:

 cd AtChem2
 singularity run --bind model:/data_transfer ~/atchem2_1.2.2.sif model/mechanism.fac

Si todo funciona de manera adecuada veremos (se ha eliminado texto, y solo se muestra una parte inicial y final):
 INFO:    Converting SIF file to temporary sandbox...
 
 * facsimile mechanism file: model/mechanism.fac
 * fortran mechanism directory [ default = ./model/configuration/ ]:
 * mcm data files directory [ default = ./mcm/ ]:
 
 ...
 
 make sharedlib
 gfortran -c model/configuration/customRateFuncs.f90 -ffree-line-length-none -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -Wno-unused-dummy-argument -fcheck=all -fPIC -shared -o model/configuration/customRateFuncs.o -Jobj
 gfortran -c model/configuration/mechanism.f90 -ffree-line-length-none -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -Wno-unused-dummy-argument -fcheck=all -fPIC -shared -o model/configuration/mechanism.o -Jobj
 gfortran -shared -o model/configuration/mechanism.so model/configuration/mechanism.o model/configuration/customRateFuncs.o
 => shared library directory: ./model/configuration/
 
 make atchem2 executable
 gfortran -o atchem2 -Jobj -Iobj src/dataStructures.f90 src/argparse.f90 src/interpolationFunctions.f90 src/configFunctions.f90 src/inputFunctions.f90 src/outputFunctions.f90 src/atmosphereFunctions.f90 src/solarFunctions.f90 src/constraintFunctions.f90 src/solverFunctions.f90 src/parameterModules.f90 src/atchem2.f90 -ffree-form -fimplicit-none -Wall -Wpedantic -fcheck=all -fPIC -O2 -L/atchem-lib/cvode/lib -L/atchem-lib/openlibm-0.8.1 -Wl,-R,/usr/lib/:/atchem-lib/cvode/lib:/atchem-lib/openlibm-0.8.1 -lopenlibm -lsundials_fcvode -lsundials_cvode -lsundials_fnvecserial -lsundials_nvecserial -ldl
 src/inputFunctions.f90:1081:0:
 
 ...
 
 -------------
  Directories
 -------------
  Model directory is: model
  Output directory is: model/output
  Reaction Rates directory is: model/output/reactionRates
  Configuration directory is: model/configuration
  Constraints directory is: model/constraints
  Environment Constraints directory is: model/constraints/environment
  Photolysis Constraints directory is: model/constraints/photolysis
  Species Constraints directory is: model/constraints/species
  MCM directory is: mcm
  Shared library is: model/configuration/mechanism.so
 
 ...
 
 ------------------
  Final statistics
 ------------------
  No. steps = 603   No. f-s = 699   No. J-s = 1003   No. LU-s = 100
  No. nonlinear iterations = 696
  No. nonlinear convergence failures = 0
  No. error test failures = 28
 
  Runtime = 0
  Deallocating memory.
 INFO:    Cleaning up image...

Esto nos muestra que se ha logrado ejecutar el contenedor con el archivo de entrada '''model/mechanism.fac'''.

== Ejecución como tarea Slurm ==

Si lo anterior lo deseamos ejecutar en un nodo de cómputo, podemos utilizar un script similar a:

 #!/bin/bash
 #---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
 #SBATCH -J AtChem_JOB
 #SBATCH -p general
 #SBATCH -n 1
 #SBATCH -c 1
 #SBATCH --mem-per-cpu=1000
 #SBATCH --mail-user=lcastilloelmes@gmail.com
 #SBATCH --mail-type=ALL
 #SBATCH -o AtChem_JOB_%j.out
 
 ml purge
 ml singularityCE
 
 cd AtChem2
 singularity run --bind model:/data_transfer ~/atchem2_1.2.2.sif model/mechanism.fac

Es importante destacar qué la carpeta '''AtChem2/model''' debe contener:

* los archivos '''*.fac''',
* el directorio '''configuration'''
* el directorio '''constraints'''

De esta manera podrá editar configuraciones y restricciones para sus simulaciones.

En el caso de requerir más recursos, recuerde que puede utilizar nuestro [https://wiki.nlhpc.cl/Generador%20Scripts Generador Scripts] para la edición de scripts.