Ver el código de «Ejemplo ABINIT»

== Introducción ==
En esta wiki se realiza el tutorial básico para el uso de '''ABINIT''', bajo la partición '''main'''.

Este ejercicio permite la ejecución exitosa de https://docs.abinit.org/tutorial/base1/ en la infraestructura de '''Leftraru EPU'''.

== Carga de módulos y copia de archivos ==
Nuestro primer paso será la carga de módulos y ver sus detalles para poder conocer las rutas disponibles y copiar archivos necesarios:

 ml purge
 ml openmpi/5.0.6-zen4-e
 ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b

Una vez cargado los módulos, veremos el detalle de '''abinit''' con

 ml show abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b

Veremos el detalle del módulo y podremos buscar en el directorio por los archivos que necesitamos.

En el caso del tutorial señalado en la página oficial (https://docs.abinit.org/tutorial/base1/) deberemos realizar los siguientes pasos:

* Copiar archivo '''tbase1_1.abi'''
* Definir variable '''ABI_PSPDIR''' en la tarea SBATCH

=== Copia de Archivo ===
Realizaremos la copia del archivo en una carpeta para nuestra prueba:

 mkdir abitest
 cd abitest
 cp /home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/tutorial/Input/tbase1_1.abi tbase1_1.abi

Y ya podremos preparar nuestro script.

== Tarea SBATCH ==
Editaremos un script para lanzar a la cola de trabajo en el clúster, el que contendrá la siguiente información:

 #!/bin/bash
 #SBATCH -J abitest
 #SBATCH -p main
 #SBATCH -n 10
 #SBATCH --ntasks-per-node=10
 #SBATCH -c 1
 #SBATCH --mem-per-cpu=4090
 #SBATCH -o abitest_%j.out 
 
 ml purge
 ml openmpi/5.0.6-zen4-e
 ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b
 
 export ABI_PSPDIR=/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/Psps_for_tests/
 
 srun abinit tbase1_1.abi

Guardamos nuestro archivo con el nomnbre '''abitest.job''' y en nuestro directorio de trabajo tendremos únicamente lo siguiente:

 abitest.job
 tbase1_1.abi

Es importante destacar que nuestro script ha definido la variable de entorno '''ABI_PSPDIR''', sin dicha variable la ejecución de nuestra tarea fallará.

== Ejecutando nuestra tarea ==
Ejecutaremos nuestra tarea mediante SLURM con:

 sbatch abitest.job

Una vez que nuestra tarea se ejecute, veremos que se han generado varios archivos:
 abinitest_43646064.out  
 abitest.job 
 tbase1_1.abi 
 tbase1_1.abo 
 tbase1_1o_DDB 
 tbase1_1o_DEN 
 tbase1_1o_EBANDS.agr 
 tbase1_1o_EIG 
 tbase1_1o_EIG.nc 
 tbase1_1o_GSR.nc 
 tbase1_1o_OUT.nc 
 tbase1_1o_WFK

Nos fijaremos en el archivo '''abinitest_43646064.out''' o el equivalente en base a la ejeución del Job ID asignado, el cual deberá tener un contenido similar a:

 ABINIT 10.0.9
   
 ABI_PSPDIR  found in environment, with value /home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/Psps_for_tests/
 -instrng: 67 lines of input have been read from file tbase1_1.abi
  
 
 .Version 10.0.9 of ABINIT, released Sep 2024.
 .(MPI version, prepared for a x86_64_linux_llvm16.0 computer)  
 
 .Copyright (C) 1998-2024 ABINIT group . 
 ABINIT comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
 It is free software, and you are welcome to redistribute it
 under certain conditions (GNU General Public License,
 see ~abinit/COPYING or http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt).
 ...
 ...
 --- !FinalSummary
 program: abinit
 version: 10.0.9
 start_datetime: Thu Feb 06 12:27:17 2025
 end_datetime: Thu Feb 06 12:27:18 2025
 overall_cpu_time:           6.2
 overall_wall_time:           6.4
 exit_requested_by_user: no 
 timelimit: 0
 pseudos: 
     H   : 314bcaf03656e059fe5e18308886932b
 usepaw: 0
 mpi_procs: 10
 omp_threads: 1
 num_warnings: 0
 num_comments: 0
 ...

Note que el archivo se ha acortado mostrando solo las primereas líneas y el final indicado por '''--- !FinalSumary'''.

También se han creado una serie de otros archivos según lo esperado.

== Enlaces Relacionados ==
Puede encontrar más información sobre ABINIT en su documentación oficial en: https://abinit.github.io/abinit_web/

Los tutoriales de ABINIT están disponibles en: https://docs.abinit.org/tutorial/

Esperamos que esta información le haya servido para el uso de esta herramienta en el clúster '''Leftraru EPU'''.