Ver el código de «Stacks»

'''Prueba de Concepto'''

El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.

Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:

 MA01.fq.gz
 MA02.fq.gz
 MG01.fq.gz
 AB01.fq.gz
 AB03.fq.gz

Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt'''

Se ejecutará una tarea que:
* Debe ser un Job Array
* Cada instancia debe procesar un archivo
* Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU


 #!/bin/bash
 
 #SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos
 #SBATCH -p main
 #SBATCH -n 1
 #SBATCH -c 10
 #SBATCH --mem-per-cpu=4000
 #SBATCH --array=1-5
 #SBATCH -o ustacks_%A_%a.out
 #SBATCH -e ustacks_%A_%a.err
 
 ml purge
 ml intel/2022.00
 ml Stacks/2.68 
 
 export OMP_PLACES=cores
 
 file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)
 sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1)
 
 # Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.
 ustacks -f $file \
         -o ${sample}.out \
         --force-diff-len \
         -i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \
         --name $sample -M 2 -p 10