ORCA

¿Qué es?

ORCA es un programa para química computacional.

Modulos

Se encuentra disponible slims:

Lmod

• ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
• ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
• ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4

Ejemplo de Lanzador

A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.

Nuestra tarea llamda mi_orca.job tiene el siguiente contenido:

#!/bin/bash
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
#SBATCH -J example
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4250
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o example_%j.out
#SBATCH -e example_%j.err

ml ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file

Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:

!HF DEF2-SVP
%SCF
   MAXITER 500
   END
   * xyz 0 1
   O   0.0000   0.0000   0.0626
   H  -0.7920   0.0000  -0.4973
   H   0.7920   0.0000  -0.4973
   *

Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:

sbatch mi_orca.job

Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado output_file con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):

                                *****************
                                * O   R   C   A *
                                *****************

          --- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---

                 #######################################################
                 #                        -***-                        #
                 #          Department of theory and spectroscopy      #
                 #               Directorship: Frank Neese             #
                 #        Max Planck Institute fuer Kohlenforschung    #
                 #                Kaiser Wilhelm Platz 1               #
                 #                 D-45470 Muelheim/Ruhr               #
                 #                      Germany                        #
                 #                                                     #
                 #                  All rights reserved                #
                 #                        -***-                        #
                 #######################################################

... ... ...

---

Rotational spectrum

---

Rotational constants in cm-1: 30.034947 13.330794 9.232857 Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602

Dipole components along the rotational axes: 

x,y,z [a.u.] : 0.000000 -0.812912 0.000000 x,y,z [Debye]: 0.000000 -2.066259 0.000000

Timings for individual modules:

Sum of individual times ... 1.991 sec (= 0.033 min) GTO integral calculation ... 0.619 sec (= 0.010 min) 31.1 % SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %

                            ****ORCA TERMINATED NORMALLY****

Recuerde que es importante:

• Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
• Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
• ORCA solo puede correr en 1 nodo

Referencias

ORCA