Diferencia entre revisiones de «Siesta»
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#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH --job-name="siesta" | #SBATCH --job-name="siesta" | ||
#SBATCH --partition=" | #SBATCH --partition="general" | ||
#SBATCH --nodes=6 # lo máximo seria 6, lo mínimo 1 | #SBATCH --nodes=6 # lo máximo seria 6, lo mínimo 1 | ||
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # ocuparía 120 cores en total | #SBATCH --ntasks-per-node=20 # ocuparía 120 cores en total | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4363 | ||
#SBATCH --output=%x_%j.out | #SBATCH --output=%x_%j.out | ||
#SBATCH --error=%x_%j.err | #SBATCH --error=%x_%j.err | ||
| Línea 26: | Línea 26: | ||
export OMP_NUM_THREADS=1 | export OMP_NUM_THREADS=1 | ||
DTMP="/tmp/${SLURM_JOB_ID}" # recomendamos siempre trabajar en el /tmp del nodo local (al menos 200G disponibles en | DTMP="/tmp/${SLURM_JOB_ID}" # recomendamos siempre trabajar en el /tmp del nodo local (al menos 200G disponibles en general) | ||
mkdir $DTMP # creamos el directorio | mkdir $DTMP # creamos el directorio | ||
cp ejemplo.fdf *psf *DM $DTMP # copiamos los archivos fuente hacia /tmp | cp ejemplo.fdf *psf *DM $DTMP # copiamos los archivos fuente hacia /tmp | ||
cd $DTMP # entramos al directorio | cd $DTMP # entramos al directorio | ||
srun siesta < ejemplo.fdf # la salida del programa queda en el archivo de log | srun siesta < ejemplo.fdf # la salida del programa queda en el archivo de log | ||
cp * $HOME/siesta/ # copiamos a nuestro $HOME los resultados | cp * $HOME/siesta/ # copiamos a nuestro $HOME los resultados | ||
cd $HOME/siesta/ | cd $HOME/siesta/ | ||
</pre> | |||
Al terminar la ejecución [https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS#SLURM_Workload_Manager Slurm] elimina todos los archivos del usuario en /tmp | Al terminar la ejecución [https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS#SLURM_Workload_Manager Slurm] elimina todos los archivos del usuario en /tmp | ||
== Referencias == | == Referencias == | ||
[https://cfd.direct/openfoam/linux-guide/ Siesta Web Page] | * [https://cfd.direct/openfoam/linux-guide/ Siesta Web Page] | ||
[https://wiki.rc.usf.edu/index.php/SIESTA#Submitting_Jobs Submitting Jobs] | * [https://wiki.rc.usf.edu/index.php/SIESTA#Submitting_Jobs Submitting Jobs] | ||
[http://hpc.mediawiki.hull.ac.uk/Applications/Siesta hpc.mediawiki.hull.ac.uk/Applications/Siesta] | * [http://hpc.mediawiki.hull.ac.uk/Applications/Siesta hpc.mediawiki.hull.ac.uk/Applications/Siesta] | ||
Revisión actual - 21:59 2 may 2024
¿Qué es?
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms) es un método original y una implementación de software para efectuar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio para moléculas y sólidos.
Modulos
Se encuentra disponible en:
Environment Modules
- siesta/3.2
- siesta/4.0
- siesta/trunk-462
- siesta/trunk-663
Ejemplo de Lanzador
Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="siesta"
#SBATCH --partition="general"
#SBATCH --nodes=6 # lo máximo seria 6, lo mínimo 1
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # ocuparía 120 cores en total
#SBATCH --mem-per-cpu=4363
#SBATCH --output=%x_%j.out
#SBATCH --error=%x_%j.err
#SBATCH --exclude=cnf[001-004]
module load siesta/trunk-663
export OMP_NUM_THREADS=1
DTMP="/tmp/${SLURM_JOB_ID}" # recomendamos siempre trabajar en el /tmp del nodo local (al menos 200G disponibles en general)
mkdir $DTMP # creamos el directorio
cp ejemplo.fdf *psf *DM $DTMP # copiamos los archivos fuente hacia /tmp
cd $DTMP # entramos al directorio
srun siesta < ejemplo.fdf # la salida del programa queda en el archivo de log
cp * $HOME/siesta/ # copiamos a nuestro $HOME los resultados
cd $HOME/siesta/
Al terminar la ejecución Slurm elimina todos los archivos del usuario en /tmp
