Siesta

¿Qué es?

SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms) es un método original y una implementación de software para efectuar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio para moléculas y sólidos.

Modulos

Se encuentra disponible en:

Environment Modules

• siesta/3.2
• siesta/4.0
• siesta/trunk-462
• siesta/trunk-663

Ejemplo de Lanzador

Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="siesta"
#SBATCH --partition="slims"
#SBATCH --nodes=6 # lo máximo seria 6, lo mínimo 1
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # ocuparía 120 cores en total
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --output=%x_%j.out
#SBATCH --error=%x_%j.err
#SBATCH --exclude=cnf[001-004]

module load siesta/trunk-663
export OMP_NUM_THREADS=1

DTMP="/tmp/${SLURM_JOB_ID}"  # recomendamos siempre trabajar en el /tmp del nodo local (al menos 200G disponibles en slims)
mkdir $DTMP # creamos el directorio
cp ejemplo.fdf *psf *DM $DTMP # copiamos los archivos fuente hacia /tmp

cd $DTMP # entramos al directorio srun siesta < ejemplo.fdf # la salida del programa queda en el archivo de log cp * $HOME/siesta/ # copiamos a nuestro $HOME los resultados cd $HOME/siesta/ Al terminar la ejecución Slurm elimina todos los archivos del usuario en /tmp

Referencias

• Siesta Web Page
• Submitting Jobs
• hpc.mediawiki.hull.ac.uk/Applications/Siesta