CP2K

¿Qué es?

CP2K es un software opensource para simulaciones químicas.

Modulos

Lmod

• CP2K/7.0

Ejemplo de Lanzador

Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:

Modo psmp "paralelismo híbrido MPI-OpenMP"

#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 20 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar.
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo.
#SBATCH -c 20 # Por cada proceso usa 20 hilos OpenMP.
#SBATCH --mem-per-cpu=2300M
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

export OMP_NUM_THREADS=20 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c.

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp

Modo MPI puro

#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 400
#SBATCH --ntasks-per-node=20 # 20 procesos MPI por nodo.
#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea.
#SBATCH --mem-per-cpu=2300M
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp

Referencias

• CP2K