Diferencia entre las páginas «Tutorial de acceso a Leftraru via SSH» y «MATLAB»

De NLHPC
(Diferencia entre las páginas)
 
 
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== Ejemplos de conexión ==
== ¿Qué es? ==
Para realizar una conexión desde un sistema GNU/Linux o MacOSX, use el comando SSH (ejemplo con usuario "prueba"):
<pre>
$ ssh prueba@leftraru.nlhpc.cl
prueba@leftraru.nlhpc.cl password:
 
[...]
 
prueba@leftraru4:~$
</pre>
 
Para conectar desde sistemas Windows, se recomienda usar Putty como cliente SSH:
 
Putty.jpg
 
En este ejemplo, se usará el usuario "prueba".
 
Accesologin1.png
 
El password es ingresado sin mostrar ningún carácter en la pantalla.
 
== Cambiar contraseña ==
Para cambiar la contraseña de usuario, es necesario que esta cumpla con ciertos requisitos como por ejemplo:
 
* El mínimo de caracteres son 10.
* Debe ser alfanumérica.
* Tener 3 caracteres especiales (al menos 1 mayúscula – 1 minúscula y 1 número).
 
Para ejecutar esta acción, utilice el siguiente comando:
<pre>
[prueba@leftraru1 ~]$ passwd
 
Changing password for user prueba.
(current) LDAP Password: <- Ingrese su contraseña actual.
 
New password: ********* <- Ingrese su nueva contraseña.
 
Retype new password: Reingrese su nueva contraseña.
 
passwd: all authentication tokens updated successfully.
</pre>
 
Confirmación de cambio de clave exitoso, le recomendamos cerrar su sesión e ingresar nuevamente a nuestro sistema ingresando su nueva contraseña.


== Conexión a nodos actualmente utilizados ==
MATLAB (abreviatura de MATrix LABoratory, "laboratorio de matrices") es una herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado (IDE) con un lenguaje de programación propio (lenguaje M).
Algunas veces, por distintas circunstancias, sería deseable tener la posibilidad de ingresar al nodo donde se estén ejecutando nuestras tareas con tal de verificar su estado, comprobar ciertos valores, etc.


Pensado en la comodidad de los usuarios, se ha implementado un módulo del gestor que colas SLURM que permite esta funcionalidad. Por tanto, el login será permitido en todas aquellas máquinas donde actualmente exista un trabajo nuestro.
== Modulos ==
 
Se encuentra disponible con el nombre '''Matlab/2017''' y el runtime esta agregado como '''MCR/R2017a''' en todas las particiones de leftraru.
Por ejemplo; nuestra tarea de prueba 'tarea_test.sh' ha sido enviada a la cola y ha ingresado con el ID '3469576'. Slurm reservó el nodo 'cn053' para llevar a cabo la ejecución, por tanto el usuario tiene permitido el ingreso mediante ssh al nodo:


== Ejemplo SBATCH para [https://wiki.nlhpc.cl/SISTEMA_GESTOR_DE_RECURSOS#SLURM_Workload_Manager SLURM] ==
<pre>
<pre>
leftraru$ sbatch tarea_test.sh
#!/bin/bash
leftraru$ squeue
#SBATCH --job-name=ejemplo
 
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
JOBID    PARTITION    NAME    USER  ST    TIME  NODES  NODELIST(REASON)
#SBATCH --mail-type=ALL
3469576    slims     Prueba    test  R    1:57    1       cn053
#SBATCH --output=%j_%x.out
#SBATCH --error=%j_%x.err
#SBATCH --partition=slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --license=matlab #agregar si se va a ocupar MATLAB


leftraru$ ssh cn053
ml Matlab/2017
Last login: today 2016 from leftraru.nlhpc.cl
cn053$
</pre>


Tenga en cuenta que aún se mantiene la restricción de ingreso para el resto de los nodos:
matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop < ejemplo.m
<pre>
leftraru$ ssh cn001
Access denied: user test (uid=000) has no active jobs on this node.
leftraru$
</pre>
</pre>
(Sin paralelización)


== Nodos Login ==
== Licencias ==
Aunque disponemos de 4 nodos para el acceso al clúster por parte de los usuarios, en general, hay que usar el nombre:
Existen 50 licencias disponibles para el uso de MATLAB proporcionadas por el [http://www.cmm.uchile.cl/ CMM], pero es posible evitar esta restricción de licencias creando una [https://wiki.nlhpc.cl/MATLAB_Compilaci%C3%B3n compilación standalone] con el Toolbox Compiler. El gestor de recursos cancelara las tareas que no indiquen las licencias en el script SBATCH, todo esto para favorecer el uso entre los distintos usuarios.
 
* leftraru.nlhpc.cl


A la hora de conectarse por SSH al clúster. Al acceder a esa dirección se consigue que los usuarios queden conectados aleatoriamente a los nodos login.
== Toolbox ==
Tenemos disponibles los siguientes toolbox con su respectiva cantidad de licencias.


Pero si resultara necesario, se puede acceder a un nodo login específicamente usando su nombre a la hora de realizar la conexión SSH:
<p>&nbsp;</p>


* leftraru1.nlhpc.cl
<table align="center" border="1" cellpadding="1" cellspacing="1" style="width:500px">
* leftraru2.nlhpc.cl
* leftraru3.nlhpc.cl
<tr>
* leftraru4.nlhpc.cl
<th scope="col">Nombre</th>
<th scope="col">Cantidad</th>
<th scope="col">Licencia Slurm</th>
</tr>
<tr>
<td>SIMULINK</td>
<td>2</td>
<td>matlab-simulink</td>
</tr>
<tr>
<td>Bioinformatics</td>
<td>1</td>
<td>matlab-bioinformatics</td>
</tr>
<tr>
<td>Control</td>
<td>20</td>
<td>matlab-control</td>
</tr>
<tr>
<td>Curve_Fitting</td>
<td>2</td>
<td>matlab-curve_fitting</td>
</tr>
<tr>
<td>Database</td>
<td>1</td>
<td>&nbsp;matlab-database</td>
</tr>
<tr>
<td>Econometrics</td>
<td>2</td>
<td>matlab-econometrics</td>
</tr>
<tr>
<td>Financial</td>
<td>2</td>
<td>matlab-financial</td>
</tr>
<tr>
<td>GADS</td>
<td>1</td>
<td>matlab-gads</td>
</tr>
<tr>
<td>Image</td>
<td>2</td>
<td>matlab-image</td>
</tr>
<tr>
<td>MATLAB_Coder</td>
<td>1</td>
<td>matlab-matlab_code</td>
</tr>
<tr>
<td>Compiler</td>
<td>1</td>
<td>matlab-compiler</td>
</tr>
<tr>
<td>Optimization</td>
<td>5</td>
<td>matlab-optimization</td>
</tr>
<tr>
<td>Distrib_Computing</td>
<td>2</td>
<td>matlab-distrib_computing</td>
</tr>
<tr>
<td>PDE</td>
<td>20</td>
<td>matlab-pde</td>
</tr>
<tr>
<td>Signal</td>
<td>2</td>
<td>matlab-signal</td>
</tr>
<tr>
<td>SimBiology</td>
<td>2</td>
<td>matlab-simbiology</td>
</tr>
<tr>
<td>Statistics</td>
<td>5</td>
<td>matlab-statistics</td>
</tr>
<tr>
<td>Identification</td>
<td>&nbsp;2 &nbsp;&nbsp;</td>
<td>&nbsp;matlab-identification</td>
</tr>
<tr>
<td>Wavelet</td>
<td>1</td>
<td>matlab-wavelet</td>
</tr>
</tbody>
</table>


== Notas ==
<p><br />
Debido a que leftraru balancea la carga de los nodos Login se debe evitar el uso de screen, ya que no se garantiza el acceso al mismo nodo que tenía la sesión screen abierta una vez que el usuario cierra su sesión.
<br />
&nbsp;</p>


Un usuario sólo podrá acceder por ssh a los cuatro nodos logins y a los nodos de cómputo en los cuales tenga alguna tarea en ejecución mediante nuestro sistema gestor de colas SLURM.
<p>&nbsp;</p>


Si falla muchas veces el intento de login por SSH o genera muchas conexiones, su IP podría ser bloqueada. Contacte por correo electrónico con Soporte si tiene problemas de conexión: soporte@nlhpc.cl
== Referencias ==
   
* [https://la.mathworks.com/help/matlab/language-fundamentals.html Language Fundamentals]
* [http://www.cas.mcmaster.ca/~cs4te3/tutorials/matlab_toolbox_quickref.pdf MATLAB Toolbox Quickref]
* [http://walkingrandomly.com/?p=5343 Checkpointing MATLAB Programs]

Revisión del 20:23 7 sep 2022

¿Qué es?

MATLAB (abreviatura de MATrix LABoratory, "laboratorio de matrices") es una herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado (IDE) con un lenguaje de programación propio (lenguaje M).

Modulos

Se encuentra disponible con el nombre Matlab/2017 y el runtime esta agregado como MCR/R2017a en todas las particiones de leftraru.

Ejemplo SBATCH para SLURM

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ejemplo
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH --output=%j_%x.out
#SBATCH --error=%j_%x.err
#SBATCH --partition=slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --license=matlab #agregar si se va a ocupar MATLAB

ml Matlab/2017

matlab -nodisplay -nosplash -nodesktop < ejemplo.m

(Sin paralelización)

Licencias

Existen 50 licencias disponibles para el uso de MATLAB proporcionadas por el CMM, pero es posible evitar esta restricción de licencias creando una compilación standalone con el Toolbox Compiler. El gestor de recursos cancelara las tareas que no indiquen las licencias en el script SBATCH, todo esto para favorecer el uso entre los distintos usuarios.

Toolbox

Tenemos disponibles los siguientes toolbox con su respectiva cantidad de licencias.

 

</tbody>
Nombre Cantidad Licencia Slurm
SIMULINK 2 matlab-simulink
Bioinformatics 1 matlab-bioinformatics
Control 20 matlab-control
Curve_Fitting 2 matlab-curve_fitting
Database 1  matlab-database
Econometrics 2 matlab-econometrics
Financial 2 matlab-financial
GADS 1 matlab-gads
Image 2 matlab-image
MATLAB_Coder 1 matlab-matlab_code
Compiler 1 matlab-compiler
Optimization 5 matlab-optimization
Distrib_Computing 2 matlab-distrib_computing
PDE 20 matlab-pde
Signal 2 matlab-signal
SimBiology 2 matlab-simbiology
Statistics 5 matlab-statistics
Identification  2     matlab-identification
Wavelet 1 matlab-wavelet



 

 

Referencias

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