MATLAB Compilación
Beneficios
Al usar el Toolbox Compiler, es posible crear una aplicación standalone que no hace uso de licencias de MATLAB, ni de sus toolbox. Además esta puede ejecutarse en otro ambiente que no tenga instalado MATLAB, solo se necesita instalar el MATLAB Runtime, que se puede obtener de forma gratuita.
¿Como compilar?
Usaremos el siguiente código de ejemplo que utiliza la función parfor del Toolbox Distrib Computing de MATLAB
pc = parcluster();
pc.JobStorageLocation = strcat('/tmp/', getenv('SLURM_JOB_ID'), '/lcj/');
parpool(pc, str2num(getenv('SLURM_CPUS_ON_NODE')))
clear A
parfor i = 1:30
A(i) = i;
end
A
Script SBATCH indicando que toolbox vamos a ocupar, ya que al compilar se hace uso de una licencia por cada toolbox, si ejecutamos directamente en la consola el comando mcc, este podría fallar si otro usuario esta ocupando la licencia.
#!/bin/bash #SBATCH -J ejemplo #SBATCH -p general #SBATCH -n 1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 #SBATCH --mem-per-cpu=4363 #SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl #SBATCH --mail-type=ALL #SBATCH -o %j_%x.out #SBATCH -e %j_%x.err #SBATCH --license=matlab,matlab-compiler,matlab-distrib_computing # indico licencias a usar module load MATLAB/2017a mcc -m ejemplo.m
Ahora para enviar el trabajo al cluster, usamos el siguiente script, solo necesitamos cargar el RUNTIME de MATLAB
#!/bin/bash
#SBATCH -J ejemplo
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 4
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4363
#SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o %j_%x.out
#SBATCH -e %j_%x.err
module load MCR/2017a
mkdir -p /tmp/${SLURM_JOB_ID}/{lcj,mcr} # creo directorio temporal para archivos cache
export MCR_CACHE_ROOT=/tmp/${SLURM_JOB_ID}/mcr # cambio a un directorio local el cache
./ejemplo
