CP2K

De NLHPC
Revisión del 20:03 27 feb 2024 de Eosorio (discusión | contribs.) (Se reemplaza el uso de partición slim por General. Este cambio incluye los cambios de valores en los parámetros de procesos, agrupación de tareas y memoria.)
(difs.) ← Revisión anterior | Revisión actual (difs.) | Revisión siguiente → (difs.)

¿Qué es?

CP2K es un software opensource para simulaciones químicas.

Modulos

Lmod

  • CP2K/7.0

Ejemplo de Lanzador

Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:

Modo psmp "paralelismo híbrido MPI-OpenMP"

#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar.
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo.
#SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP.
#SBATCH --mem-per-cpu=4363
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c.

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp

Modo MPI puro


#!/bin/bash
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 220
#SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo.
#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea.
#SBATCH --mem-per-cpu=4363
#SBATCH -o CP2K_%j.out
#SBATCH -e CP2K_%j.err
#SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com
#SBATCH --mail-type=ALL

module purge
ml intel/2018.04 CP2K/7.0

srun cp2k.psmp -i entrada.inp

Referencias