Diferencia entre revisiones de «Uso de conda»
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Este comando editará su archivo <code>~/.bashrc</code> con un contenido similar a: | Este comando editará su archivo <code>~/.bashrc</code> con un contenido similar a: | ||
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__conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" | __conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" | ||
if [ $? -eq 0 ]; then | if [ $? -eq 0 ]; then | ||
eval "$__conda_setup" | |||
else | else | ||
if [ -f "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" ]; then | |||
. "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" | |||
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export PATH="/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin:$PATH" | |||
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''Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.'' | ''Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.'' | ||
Revisión del 17:59 1 ago 2023
Introducción
Si necesita utilizar entornos virtuales de Conda, el siguiente procedimiento muestra los pasos básicos para crear su primer entorno virtual.
Debe recordar que al ser entornos virtuales, estos estarán almacenados bajo su directorio $HOME y las instalaciones de software bajo este entorno deben ser administradas por el propio usuario.
Módulos para Conda
Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de Conda.
Anaconda2/5.3.0
Anaconda3/5.1.0
Anaconda3/5.3.0
Anaconda3/2020.02
Miniconda2/4.7.10
Miniconda3/4.5.12
Para nuestro ejemplo utilizaremos Miniconda3/4.5.12, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.
Carga de módulo y activación inicial de Conda
El siguiente paso debe realizarse una única vez, posterior a esto, el usuario deberá crear, activar y administrar sus propios entornos virtuales.
Carga de módulo
Cargaremos el módulo Miniconda3/4.5.12.
Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.
ml purge
ml intel
ml Miniconda3
Activación de Conda
Activaremos el uso de conda con el comando:
conda init bash
Este comando editará su archivo ~/.bashrc con un contenido similar a:
<nowiki>
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.
En este punto, es necesario puede salir de su sesión y volver a acceder, o ejecutar el siguiente comando para activar volver a cargar su archivo ~/.bashrc
<conda> source ~/.bashrc
Y ya tendrá disponible el comando conda disponible en su sesión.
