Uso de conda
Introducción
Si necesita utilizar entornos virtuales de Conda, el siguiente procedimiento muestra los pasos básicos para crear su primer entorno virtual.
Debe recordar que al ser entornos virtuales, estos estarán almacenados bajo su directorio $HOME y las instalaciones de software bajo este entorno deben ser administradas por el propio usuario.
Módulos para Conda
Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de Conda.
Anaconda2/5.3.0 Anaconda3/5.1.0 Anaconda3/5.3.0 Anaconda3/2020.02 Miniconda2/4.7.10 Miniconda3/4.5.12
Para nuestro ejemplo utilizaremos Miniconda3/4.5.12, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.
Carga de módulo y activación inicial de Conda
El siguiente paso debe realizarse una única vez, posterior a esto, el usuario deberá crear, activar y administrar sus propios entornos virtuales.
Carga de módulo
Cargaremos el módulo Miniconda3/4.5.12.
Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.
ml purge ml intel ml Miniconda3
Activación de Conda
Activaremos el uso de conda con el comando:
conda init bash
Este comando editará su archivo ~/.bashrc con un contenido similar a:
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.
En este punto, es necesario puede salir de su sesión y volver a acceder, o ejecutar el siguiente comando para activar volver a cargar su archivo ~/.bashrc:
source ~/.bashrc
Y ya tendrá disponible el comando conda disponible en su sesión.
Creación de entorno virtual
Los siguientes pasos permitirán crear un entorno virtual bajo su cuenta personal.
Creando nuestro entorno virtual
Crearemos nuestro entorno virtual con el comando:
conda create -n mi_primer_entorno
Una vez que este entorno se haya creado, lo podremos activar con:
conda activate mi_primer_entorno
Fíjese que el prompt de su cuenta indicará el nombre del entorno virtual que esté activo. En una primera instancia verá un cambio de base por mi_primer_entorno
Creando un entorno virtual con Python 3.9.5
En el caso de querer crear un entorno virtual y en el mismo paso instalar Python en una versión específica, puede usar el comando:
conda create -n mi_entorno_con_python Python=3.9.5
Este comando creará el entorno mi_entorno_con_python e instalará la versión 3.9.5 de Python.
Eventualmente, y luego que su entorno haya sido creado, podrá activar este nuevo entorno y verificar la ubicación del comando python
conda activate mi_entorno_con_python which python
Buenas prácticas
En los ejemplos vistos, tenemos dos entornos virtuales: mi_primer_entorno y mi_entorno_con_python.
Pero estos nombres no nos dicen mucho.
Debe recordar que cada entorno virtual puede contener distintas colecciones de software, por lo que es una buena práctica que el nombre del entorno virtual sea descriptivo para su uso.
Instalación de software adicional
Cuando requiera instalar nuevo software, bastará que active su entorno virtual y use el comando conda para la instalación de software.
Por ejemplo, si queremos instalar Tensorflow en nuestro entorno mi_primer_entorno, podemos ejecutar:
conda activate mi_primer_entorno conda install Tensorflow
De esta manera, se mostrará las dependencias necesarias y deberá aceptar la instalación.
Si desea instalar y aceptar todas las dependencias puede ejecutar
conda install -y Tensorflow
Más información
Le invitamos a visitar https://anaconda.org/ donde encontrará más información como software disponible para instalar.
