Diferencia entre revisiones de «Stacks»
De NLHPC
(Página creada con «'''Prueba de Concepto''' El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar. Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos: MA01.fq.gz MA02.fq.gz MG01.fq.gz AB01.fq.gz AB03.fq.gz Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt''' Se ejecutará una tarea que: * Debe ser un Job Array * Cada instancia debe procesar un archivo * Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU <code> #!/bin/bash #SBATCH -J ustac…») |
(Sin diferencias)
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Revisión del 20:50 5 nov 2025
Prueba de Concepto
El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.
Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:
MA01.fq.gz MA02.fq.gz MG01.fq.gz AB01.fq.gz AB03.fq.gz
Los nombres están almacenados en un archivo llamado mis_archivos.txt
Se ejecutará una tarea que:
- Debe ser un Job Array
- Cada instancia debe procesar un archivo
- Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU
- !/bin/bash
- SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos
- SBATCH -p main
- SBATCH -n 1
- SBATCH -c 10
- SBATCH --mem-per-cpu=4000
- SBATCH --array=1-5
- SBATCH -o ustacks_%A_%a.out
- SBATCH -e ustacks_%A_%a.err
ml purge
ml intel/2022.00
ml Stacks/2.68
export OMP_PLACES=cores
file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)
sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1)
- Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.
ustacks -f $file \
-o ${sample}.out \
--force-diff-len \
-i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \
--name $sample -M 2 -p 10
