Diferencia entre revisiones de «Stacks»
De NLHPC
(Página creada con «'''Prueba de Concepto''' El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar. Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos: MA01.fq.gz MA02.fq.gz MG01.fq.gz AB01.fq.gz AB03.fq.gz Los nombres están almacenados en un archivo llamado '''mis_archivos.txt''' Se ejecutará una tarea que: * Debe ser un Job Array * Cada instancia debe procesar un archivo * Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU <code> #!/bin/bash #SBATCH -J ustac…») |
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* Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU | * Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU | ||
#SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos | #!/bin/bash | ||
#SBATCH -p main | |||
#SBATCH -n 1 | #SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos | ||
#SBATCH -c 10 | #SBATCH -p main | ||
#SBATCH --mem-per-cpu=4000 | #SBATCH -n 1 | ||
#SBATCH --array=1-5 | #SBATCH -c 10 | ||
#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out | #SBATCH --mem-per-cpu=4000 | ||
#SBATCH -e ustacks_%A_%a.err | #SBATCH --array=1-5 | ||
#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out | |||
ml purge | #SBATCH -e ustacks_%A_%a.err | ||
ml intel/2022.00 | |||
ml Stacks/2.68 | ml purge | ||
ml intel/2022.00 | |||
export OMP_PLACES=cores | ml Stacks/2.68 | ||
file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt) | export OMP_PLACES=cores | ||
sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1) | |||
file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt) | |||
# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura. | sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1) | ||
ustacks -f $file \ | |||
# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura. | |||
ustacks -f $file \ | |||
-o ${sample}.out \ | |||
--force-diff-len \ | |||
-i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \ | |||
--name $sample -M 2 -p 10 | |||
Revisión actual - 20:52 5 nov 2025
Prueba de Concepto
El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.
Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:
MA01.fq.gz MA02.fq.gz MG01.fq.gz AB01.fq.gz AB03.fq.gz
Los nombres están almacenados en un archivo llamado mis_archivos.txt
Se ejecutará una tarea que:
- Debe ser un Job Array
- Cada instancia debe procesar un archivo
- Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU
#!/bin/bash
#SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos
#SBATCH -p main
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 10
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --array=1-5
#SBATCH -o ustacks_%A_%a.out
#SBATCH -e ustacks_%A_%a.err
ml purge
ml intel/2022.00
ml Stacks/2.68
export OMP_PLACES=cores
file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt)
sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1)
# Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.
ustacks -f $file \
-o ${sample}.out \
--force-diff-len \
-i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \
--name $sample -M 2 -p 10
