Diferencia entre revisiones de «Uso Filesystem Local»
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El comando '''ml MODULO''' hace referencia a que '''''debe cargar los módulos que usted necesite'''''. | |||
Posterior a eso, se creará una carpeta bajo '''/tmp''' que tendrá como nombre el '''Job ID''' de su tarea, y se copiará la carpeta '''mis_archivos''' a la nueva carpeta creada. | Posterior a eso, se creará una carpeta bajo '''/tmp''' que tendrá como nombre el '''Job ID''' de su tarea, y se copiará la carpeta '''mis_archivos''' a la nueva carpeta creada. | ||
Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el '''filesystem''' local. | Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el '''filesystem''' local. | ||
Revisión del 15:50 6 dic 2022
Introducción
El siguiente procedimiento indica los pasos necesarios para poder utilizar el filesystem local y ejecutar tareas mediante el uso de SLURM.
Este uso está pensado para aplicaciones como Siesta', Orca, Gaussian entre otras.
Pasos a seguir
Para considerar el uso del filesystem local, es necesario comprender qué debemos hacer:
- Copiar nuestros archivos desde nuestra carpeta personal a un directorio local
- Ejecutar nuestra simulación
- Copiar los resultados del directorio local a nuestra carpeta personal
Con esto en mente, se puede realizar un script similar a:
#!/bin/bash
#SBATCH -J ejemplo
#SBATCH -p slims
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=2300
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o ejemplo_%j.out
#SBATCH -e ejemplo_%j.err
# Carga de módulos necesarios
ml MODULO
# Creación de carpeta local
LOCAL_DIR="/tmp/${SLURM_JOB_ID}"
mkdir $LOCAL_DIR
# Copiamos nuestros archivos o carpeta al directorio creado
cp -r $HOME/mis_archivos/ $LOCAL_DIR
cd $LOCAL_DIR/mis_archivos
# Ejecutamos nuestra simulación
srun aplicación mi_input > mi_output
# Copiamos los resultados obtenidos a nuestra carpeta de origen
cp -r mi_output $LOCAL_DIR/mis_archivos
En el ejemplo anterior, se ejecuta una tarea bajo la partición slims.
El comando ml MODULO hace referencia a que debe cargar los módulos que usted necesite.
Posterior a eso, se creará una carpeta bajo /tmp que tendrá como nombre el Job ID de su tarea, y se copiará la carpeta mis_archivos a la nueva carpeta creada.
Y se finaliza accediendo a la carpeta copiada en el filesystem local.
Posterior a eso, se ejecutará la aplicación según el módulo cargado (en este ejemplo llamado srun aplicación), el cual almacenará el resultado obtenido en el archivo mi_output.
Una vez que haya finalizado la tarea, es importante que el usuario almacene en su carpeta personal los resultados obtenidos, para eso se copia el archivo obtenido a su carpeta personal.
Es de suma importancia el último paso, ya que de no copiar los resultados estos se perderán.
Enlaces
Puede ver ejemplos del uso de este procedimiento en otras páginas de la wiki como por ejemplo:
