Diferencia entre revisiones de «CP2K»
De NLHPC
(Página creada con «== ¿Qué es? == CP2K es un software opensource para simulaciones químicas. == Modulos == [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] * CP2K/7.0 == Ejemplo de Lanzador == Eje…») |
(Se reemplaza el uso de partición slim por General. Este cambio incluye los cambios de valores en los parámetros de procesos, agrupación de tareas y memoria.) |
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== Modulos == | == Modulos == | ||
[https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] | [https://wiki.nlhpc.cl/Lmod Lmod] | ||
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== Ejemplo de Lanzador == | == Ejemplo de Lanzador == | ||
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#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH -J CP2K | #SBATCH -J CP2K | ||
#SBATCH -p | #SBATCH -p general | ||
#SBATCH -n | #SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar. | ||
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. | #SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. | ||
#SBATCH -c | #SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP. | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4363 | ||
#SBATCH -o CP2K_%j.out | #SBATCH -o CP2K_%j.out | ||
#SBATCH -e CP2K_%j.err | #SBATCH -e CP2K_%j.err | ||
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#SBATCH --mail-type=ALL | #SBATCH --mail-type=ALL | ||
export OMP_NUM_THREADS= | export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c. | ||
module purge | module purge | ||
| Línea 34: | Línea 35: | ||
<big>Modo MPI puro</big> | <big>Modo MPI puro</big> | ||
<pre> | <pre> | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH -J CP2K | #SBATCH -J CP2K | ||
#SBATCH -p | #SBATCH -p general | ||
#SBATCH -n | #SBATCH -n 220 | ||
#SBATCH --ntasks-per-node= | #SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo. | ||
#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. | #SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4363 | ||
#SBATCH -o CP2K_%j.out | #SBATCH -o CP2K_%j.out | ||
#SBATCH -e CP2K_%j.err | #SBATCH -e CP2K_%j.err | ||
Revisión actual - 20:03 27 feb 2024
¿Qué es?
CP2K es un software opensource para simulaciones químicas.
Modulos
- CP2K/7.0
Ejemplo de Lanzador
Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:
Modo psmp "paralelismo híbrido MPI-OpenMP"
#!/bin/bash #SBATCH -J CP2K #SBATCH -p general #SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar. #SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. #SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP. #SBATCH --mem-per-cpu=4363 #SBATCH -o CP2K_%j.out #SBATCH -e CP2K_%j.err #SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com #SBATCH --mail-type=ALL export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c. module purge ml intel/2018.04 CP2K/7.0 srun cp2k.psmp -i entrada.inp
Modo MPI puro
#!/bin/bash #SBATCH -J CP2K #SBATCH -p general #SBATCH -n 220 #SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo. #SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. #SBATCH --mem-per-cpu=4363 #SBATCH -o CP2K_%j.out #SBATCH -e CP2K_%j.err #SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com #SBATCH --mail-type=ALL module purge ml intel/2018.04 CP2K/7.0 srun cp2k.psmp -i entrada.inp
