Diferencia entre revisiones de «CP2K»
De NLHPC
(Se reemplaza el uso de partición slim por General. Este cambio incluye los cambios de valores en los parámetros de procesos, agrupación de tareas y memoria.) |
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| Línea 15: | Línea 15: | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH -J CP2K | #SBATCH -J CP2K | ||
#SBATCH -p | #SBATCH -p general | ||
#SBATCH -n | #SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar. | ||
#SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. | #SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. | ||
#SBATCH -c | #SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP. | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4363 | ||
#SBATCH -o CP2K_%j.out | #SBATCH -o CP2K_%j.out | ||
#SBATCH -e CP2K_%j.err | #SBATCH -e CP2K_%j.err | ||
| Línea 25: | Línea 25: | ||
#SBATCH --mail-type=ALL | #SBATCH --mail-type=ALL | ||
export OMP_NUM_THREADS= | export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c. | ||
module purge | module purge | ||
| Línea 35: | Línea 35: | ||
<big>Modo MPI puro</big> | <big>Modo MPI puro</big> | ||
<pre> | <pre> | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH -J CP2K | #SBATCH -J CP2K | ||
#SBATCH -p | #SBATCH -p general | ||
#SBATCH -n | #SBATCH -n 220 | ||
#SBATCH --ntasks-per-node= | #SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo. | ||
#SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. | #SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4363 | ||
#SBATCH -o CP2K_%j.out | #SBATCH -o CP2K_%j.out | ||
#SBATCH -e CP2K_%j.err | #SBATCH -e CP2K_%j.err | ||
Revisión actual - 20:03 27 feb 2024
¿Qué es?
CP2K es un software opensource para simulaciones químicas.
Modulos
- CP2K/7.0
Ejemplo de Lanzador
Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:
Modo psmp "paralelismo híbrido MPI-OpenMP"
#!/bin/bash #SBATCH -J CP2K #SBATCH -p general #SBATCH -n 44 # Número de procesos MPI a lanzar. Como hay un proceso por nodo, equivale al número de nodos a usar. #SBATCH --ntasks-per-node=1 # Un proceso por nodo. #SBATCH -c 44 # Por cada proceso usa 44 hilos OpenMP. #SBATCH --mem-per-cpu=4363 #SBATCH -o CP2K_%j.out #SBATCH -e CP2K_%j.err #SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com #SBATCH --mail-type=ALL export OMP_NUM_THREADS=44 # Número de hilos OpenMP a usar, debe de coincidir con el parámetro -c. module purge ml intel/2018.04 CP2K/7.0 srun cp2k.psmp -i entrada.inp
Modo MPI puro
#!/bin/bash #SBATCH -J CP2K #SBATCH -p general #SBATCH -n 220 #SBATCH --ntasks-per-node=44 # 44 procesos MPI por nodo. #SBATCH -c 1 # Siempre es 1 por defecto, se puede omitir esta línea. #SBATCH --mem-per-cpu=4363 #SBATCH -o CP2K_%j.out #SBATCH -e CP2K_%j.err #SBATCH --mail-user=usuario@gmail.com #SBATCH --mail-type=ALL module purge ml intel/2018.04 CP2K/7.0 srun cp2k.psmp -i entrada.inp
