Ejemplo ABINIT

Introducción

En esta wiki se realiza el tutorial básico para el uso de ABINIT, bajo la partición main.

Carga de módulos y copia de archivos

Nuestro primer paso será la carga de módulos y ver sus detalles para poder conocer las rutas disponibles y copiar archivos necesarios:

ml purge
ml openmpi/5.0.6-zen4-e
ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b

Una vez cargado los módulos, veremos el detalle de abinit con

ml show abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b

Veremos el detalle del módulo y podremos buscar en el directorio por los archivos que necesitamos.

En el caso del tutorial señalado en la página oficial (https://docs.abinit.org/tutorial/base1/) deberemos realizar los siguientes pasos:

• Copiar archivo tbase1_1.abi
• Definir variable ABI_PSPDIR en la tarea SBATCH

Copia de Archivo

Realizaremos la copia del archivo en una carpeta para nuestra prueba:

mkdir abitest
cd abitest
cp /home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/tutorial/Input/tbase1_1.abi tbase1_1.abi

Y ya podremos preparar nuestro script.

Tarea SBATCH

Editaremos un script para lanzar a la cola de trabajo en el clúster, el que contendrá la siguiente información:

#!/bin/bash
#SBATCH -J abitest
#SBATCH -p main
#SBATCH -n 10
#SBATCH --ntasks-per-node=10
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4090
#SBATCH -o abitest_%j.out 

ml purge
ml openmpi/5.0.6-zen4-e
ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b

export ABI_PSPDIR=/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/Psps_for_tests/

srun abinit tbase1_1.abi

dubi