ORCA

¿Qué es?

ORCA es un programa para química computacional.

Modulos

Para ver las distintas versiones de ORCA disponibles puede ejecutar el siguiente comando:

ml spider ORCA

Y obtendrá un listado similar a:

-----------------------------------------------------------------------------
  ORCA:
-----------------------------------------------------------------------------
    Description:
      ORCA is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for 
      quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of 
      open-shell molecules. It features a       wide variety of standard quantum
      chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- and
      multireference correlated ab initio methods. It can also treat environmental
      and relativistic effects. 

     Versions:
        ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
        ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
        ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
        ORCA/4.2.1-OpenMPI-3.1.4
        ORCA/5.0.0-OpenMPI-4.1.1
        ORCA/5.0.1-OpenMPI-4.1.1
        ORCA/5.0.2-OpenMPI-4.1.1
        ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.1
        ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
        ORCA/5.0.3-static-OpenMPI-4.1.1

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  For detailed information about a specific "ORCA" module (including how to load 
  the modules) use the module's full name.
  For example:

     $ module spider ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
-----------------------------------------------------------------------------

Para otros ejemplos en el uso de ```ml``` para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki Lmod

Ejemplo de Lanzador

A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.

Nuestra tarea llamda mi_orca.job tiene el siguiente contenido:

#!/bin/bash
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
#SBATCH -J example
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4250
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o example_%j.out
#SBATCH -e example_%j.err

ml ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file

Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:

!HF DEF2-SVP
%SCF
   MAXITER 500
   END
   * xyz 0 1
   O   0.0000   0.0000   0.0626
   H  -0.7920   0.0000  -0.4973
   H   0.7920   0.0000  -0.4973
   *

Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:

sbatch mi_orca.job

Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado output_file con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):

                                 *****************
                                 * O   R   C   A *
                                 *****************

           --- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---

                  #######################################################
                  #                        -***-                        #
                  #          Department of theory and spectroscopy      #
                  #               Directorship: Frank Neese             #
                  #        Max Planck Institute fuer Kohlenforschung    #
                  #                Kaiser Wilhelm Platz 1               #
                  #                 D-45470 Muelheim/Ruhr               #
                  #                      Germany                        #
                  #                                                     #
                  #                  All rights reserved                #
                  #                        -***-                        #
                  #######################################################
...
...
...

--------------------
Rotational spectrum 
--------------------
 
Rotational constants in cm-1:    30.034947    13.330794     9.232857 
Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602 

 Dipole components along the rotational axes: 
x,y,z [a.u.] :     0.000000    -0.812912     0.000000 
x,y,z [Debye]:     0.000000    -2.066259     0.000000 

 

Timings for individual modules:

Sum of individual times         ...        1.991 sec (=   0.033 min)
GTO integral calculation        ...        0.619 sec (=   0.010 min)  31.1 %
SCF iterations                  ...        1.372 sec (=   0.023 min)  68.9 %
                             ****ORCA TERMINATED NORMALLY****

Recuerde que es importante:

• Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
• Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
• ORCA solo puede correr en 1 nodo

Referencias

ORCA