Diferencia entre revisiones de «ORCA»
De NLHPC
Línea 58: | Línea 58: | ||
#SBATCH -n 1 | #SBATCH -n 1 | ||
#SBATCH -c 1 | #SBATCH -c 1 | ||
#SBATCH --mem-per-cpu= | #SBATCH --mem-per-cpu=4000 | ||
#SBATCH --mail-user=foo@example.com | #SBATCH --mail-user=foo@example.com | ||
#SBATCH --mail-type=ALL | #SBATCH --mail-type=ALL | ||
Línea 64: | Línea 64: | ||
#SBATCH -e example_%j.err | #SBATCH -e example_%j.err | ||
ml ORCA | ml ORCA | ||
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file | ${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file | ||
</pre> | </pre> |
Revisión del 15:40 14 nov 2022
¿Qué es?
ORCA es un programa para química computacional.
Modulos
Para ver las distintas versiones de ORCA disponibles puede ejecutar el siguiente comando:
ml spider ORCA
Y obtendrá un listado similar a:
----------------------------------------------------------------------------- ORCA: ----------------------------------------------------------------------------- Description: ORCA is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of open-shell molecules. It features a wide variety of standard quantum chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- and multireference correlated ab initio methods. It can also treat environmental and relativistic effects. Versions: ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3 ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3 ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4 ORCA/4.2.1-OpenMPI-3.1.4 ORCA/5.0.0-OpenMPI-4.1.1 ORCA/5.0.1-OpenMPI-4.1.1 ORCA/5.0.2-OpenMPI-4.1.1 ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.1 ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3 ORCA/5.0.3-static-OpenMPI-4.1.1 ----------------------------------------------------------------------------- For detailed information about a specific "ORCA" module (including how to load the modules) use the module's full name. For example: $ module spider ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3 -----------------------------------------------------------------------------
Para otros ejemplos en el uso de **ml** para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki Lmod
Ejemplo de Lanzador
A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.
Nuestra tarea llamda mi_orca.job tiene el siguiente contenido:
#!/bin/bash #---------------Script SBATCH - NLHPC ---------------- #SBATCH -J example #SBATCH -p general #SBATCH -n 1 #SBATCH -c 1 #SBATCH --mem-per-cpu=4000 #SBATCH --mail-user=foo@example.com #SBATCH --mail-type=ALL #SBATCH -o example_%j.out #SBATCH -e example_%j.err ml ORCA ${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file
Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:
!HF DEF2-SVP %SCF MAXITER 500 END * xyz 0 1 O 0.0000 0.0000 0.0626 H -0.7920 0.0000 -0.4973 H 0.7920 0.0000 -0.4973 *
Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:
sbatch mi_orca.job
Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado output_file con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):
***************** * O R C A * ***************** --- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package --- ####################################################### # -***- # # Department of theory and spectroscopy # # Directorship: Frank Neese # # Max Planck Institute fuer Kohlenforschung # # Kaiser Wilhelm Platz 1 # # D-45470 Muelheim/Ruhr # # Germany # # # # All rights reserved # # -***- # ####################################################### ... ... ... -------------------- Rotational spectrum -------------------- Rotational constants in cm-1: 30.034947 13.330794 9.232857 Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602 Dipole components along the rotational axes: x,y,z [a.u.] : 0.000000 -0.812912 0.000000 x,y,z [Debye]: 0.000000 -2.066259 0.000000 Timings for individual modules: Sum of individual times ... 1.991 sec (= 0.033 min) GTO integral calculation ... 0.619 sec (= 0.010 min) 31.1 % SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 % ****ORCA TERMINATED NORMALLY****
Recuerde que es importante:
- Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
- Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
- ORCA solo puede correr en 1 nodo