Diferencia entre revisiones de «VASP»
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* [https://wiki.bwhpc.de/e/JUSTUS2/Software/VASP VASP bwHPC] | * [https://wiki.bwhpc.de/e/JUSTUS2/Software/VASP VASP bwHPC] | ||
* [https://www.vasp.at/wiki/index.php/NCORE VASP Wiki-Ncore] |
Revisión del 18:57 15 nov 2022
¿Qué es?
VASP (Vienna Ab initio Simulation Package) es un paquete de mecánica cuántica para simulaciones de dinámica molecular a nivel ab initio, utilizando pseudopotenciales o el método Projector-Augmented Wave (PAW) y una base de ondas planas.
La metodología usada en este software se basa en la aproximación local de la densidad (LDA) y una evaluación exacta del estado fundamental en cada paso de la dinámica molecul
Modulos
Se encuentra disponible en:
Lmod
VASP/5.4.4
Definir entorno
En el archivo INCAR configuramos las siguientes variables respecto a la reserva que hagamos para tener idealmente de 1 átomo por core.
NPAR = 5 #cantidad de nodos NCORE = 20 #cantidad de cores por nodo #evitar exceso de carga en I/O LWAVE = .FALSE. LCHARG = .FALSE. LVTOT = .FALSE.
Ejemplo de Lanzador
Ejemplo de SBATCH para enviar al cluster:
#!/bin/bash #SBATCH -J ejemplo #SBATCH -p slims #SBATCH -n 100 #SBATCH --ntasks-per-node=20 # en este caso solicitaríamos 5 nodos completos (100/20) #SBATCH --mem-per-cpu=2300 # solicitaríamos los 46G de memoria disponible por cada nodo #SBATCH --mail-user=usuario@correo.cl #SBATCH --mail-type=ALL #SBATCH -o %j_%x.out #SBATCH -e %j_%x.err module load VASP/5.4.4 export OMP_NUM_THREADS=1 export MKL_NUM_THREADS=1 export MKL_DYNAMIC=FALSE #vasp_std for standard NVT calculation and non-gamma k-points #vasp_gam for standard NVT calculation and only gamma-point #vasp_ncl for NPT ensemble and non-gamma-point calculations EXEC=vasp_gam BINVASP="${EXEC}" export BINVASP srun $BINVASP
El uso de este software está restringido a los usuarios que dispongan de una licencia válida de VASP, la cual deben enviar al correo de soporte.
Referencias
* The VASP site * First time you run a VASP job? * VASP bwHPC * VASP Wiki-Ncore