Uso de conda

Introducción

Si necesita utilizar entornos virtuales de Conda, el siguiente procedimiento muestra los pasos básicos para crear su primer entorno virtual.

Debe recordar que al ser entornos virtuales, estos estarán almacenados bajo su directorio $HOME y las instalaciones de software bajo este entorno deben ser administradas por el propio usuario.

Módulos para Conda

Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de Conda.

Anaconda2/5.3.0
Anaconda3/5.1.0
Anaconda3/5.3.0
Anaconda3/2020.02
Miniconda2/4.7.10
Miniconda3/4.5.12

Para nuestro ejemplo utilizaremos Miniconda3/4.5.12, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.

Carga de módulo y activación inicial de Conda

El siguiente paso debe realizarse una única vez, posterior a esto, el usuario deberá crear, activar y administrar sus propios entornos virtuales.

Carga de módulo

Cargaremos el módulo Miniconda3/4.5.12.

Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.

ml purge
ml intel
ml Miniconda3

Activación de Conda

Activaremos el uso de conda con el comando:

conda init bash

Este comando editará su archivo ~/.bashrc con un contenido similar a:

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.

En este punto, es necesario puede salir de su sesión y volver a acceder, o ejecutar el siguiente comando para activar volver a cargar su archivo ~/.bashrc:

source ~/.bashrc

Y ya tendrá disponible el comando conda disponible en su sesión.

Creación de entorno virtual

Los siguientes pasos permitirán crear un entorno virtual bajo su cuenta personal.

Debe recordar que cada entorno virtual puede contener distintas colecciones de software, por lo que es una buena práctica que el nombre del entorno virtual sea descriptivo para su uso.

Creando nuestro entorno virtual

Crearemos nuestro entorno virtual con el comando:

conda create -n mi_primer_entorno

Una vez que este entorno se haya creado, lo podremos activar con:

conda activate mi_primer_entorno

Fíjese que el prompt de su cuenta indicará el nombre del entorno virtual que esté activo.

En una primera instancia verá un cambio de base por mi_primer_entorno