Diferencia entre revisiones de «Uso de conda»
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Revisión del 18:08 1 ago 2023
Introducción
Si necesita utilizar entornos virtuales de Conda, el siguiente procedimiento muestra los pasos básicos para crear su primer entorno virtual.
Debe recordar que al ser entornos virtuales, estos estarán almacenados bajo su directorio $HOME
y las instalaciones de software bajo este entorno deben ser administradas por el propio usuario.
Módulos para Conda
Actualmente en el cluster contamos con distintos módulos que pueden ser utilizados para la creación de entornos virtuales de Conda.
Anaconda2/5.3.0 Anaconda3/5.1.0 Anaconda3/5.3.0 Anaconda3/2020.02 Miniconda2/4.7.10 Miniconda3/4.5.12
Para nuestro ejemplo utilizaremos Miniconda3/4.5.12
, pero puede utilizar el módulo que se adapte a sus necesidades.
Carga de módulo y activación inicial de Conda
El siguiente paso debe realizarse una única vez, posterior a esto, el usuario deberá crear, activar y administrar sus propios entornos virtuales.
Carga de módulo
Cargaremos el módulo Miniconda3/4.5.12
.
Recuerde que si omite la versión del módulo a cargar, se utilizará el que esté por defecto.
ml purge ml intel ml Miniconda3
Activación de Conda
Activaremos el uso de conda con el comando:
conda init bash
Este comando editará su archivo ~/.bashrc
con un contenido similar a:
# >>> conda initialize >>> # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !! __conda_setup="$('/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $? -eq 0 ]; then eval "$__conda_setup" else if [ -f "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" ]; then . "/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/etc/profile.d/conda.sh" else export PATH="/home/lmod/software/Core/Miniconda3/4.5.12/bin:$PATH" fi fi unset __conda_setup # <<< conda initialize <<<
Si elimina estas líneas, deberá cargar el módulo y activar conda nuevamente.
En este punto, es necesario puede salir de su sesión y volver a acceder, o ejecutar el siguiente comando para activar volver a cargar su archivo ~/.bashrc
:
source ~/.bashrc
Y ya tendrá disponible el comando conda
disponible en su sesión.
Creación de entorno virtual
Los siguientes pasos permitirán crear un entorno virtual bajo su cuenta personal.
Debe recordar que cada entorno virtual puede contener distintas colecciones de software, por lo que es una buena práctica que el nombre del entorno virtual sea descriptivo para su uso.
Creando nuestro entorno virtual
Crearemos nuestro entorno virtual con el comando:
conda create -n mi_primer_entorno
Una vez que este entorno se haya creado, lo podremos activar con:
conda activate mi_primer_entorno
Fíjese que el prompt de su cuenta indicará el nombre del entorno virtual que esté activo. En una primera instancia verá un cambio de base por mi_primer_entorno