Stacks

Prueba de Concepto

El siguiente ejemplo de uso de Stacks es una propuesta a probar.

Se asume que el usuario tiene los siguientes archivos 5 archivos:

MA01.fq.gz
MA02.fq.gz
MG01.fq.gz
AB01.fq.gz
AB03.fq.gz

Los nombres están almacenados en un archivo llamado mis_archivos.txt

Se ejecutará una tarea que:

• Debe ser un Job Array
• Cada instancia debe procesar un archivo
• Cada instancia debe ejecutarse en 10 CPU

1. !/bin/bash

1. SBATCH -J ustacks_sobre_5_archivos
2. SBATCH -p main
3. SBATCH -n 1
4. SBATCH -c 10
5. SBATCH --mem-per-cpu=4000
6. SBATCH --array=1-5
7. SBATCH -o ustacks_%A_%a.out
8. SBATCH -e ustacks_%A_%a.err

ml purge ml intel/2022.00 ml Stacks/2.68

export OMP_PLACES=cores

file=$(sed -n ${SLURM_ARRAY_TASK_ID}p mis_archivos.txt) sample=$(echo "$file" | cut -d'.' -f1)

1. Se ha separado el comando en líneas para una fácil lectura.

ustacks -f $file \

       -o ${sample}.out \
       --force-diff-len \
       -i ${SLURM_ARRAY_TASK_ID} \
       --name $sample -M 2 -p 10