ORCA
De NLHPC
¿Qué es?
ORCA es un programa para química computacional.
Modulos
Para ver las distintas versiones de ORCA disponibles puede ejecutar el siguiente comando:
ml spider ORCA
Y obtendrá un listado similar a:
-----------------------------------------------------------------------------
ORCA:
-----------------------------------------------------------------------------
Description:
ORCA is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for
quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of
open-shell molecules. It features a wide variety of standard quantum
chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- and
multireference correlated ab initio methods. It can also treat environmental
and relativistic effects.
Versions:
ORCA/4.1.1-OpenMPI-3.1.3
ORCA/4.1.2-OpenMPI-3.1.3
ORCA/4.2.0-OpenMPI-3.1.4
ORCA/4.2.1-OpenMPI-3.1.4
ORCA/5.0.0-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.1-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.2-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.1
ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
ORCA/5.0.3-static-OpenMPI-4.1.1
-----------------------------------------------------------------------------
For detailed information about a specific "ORCA" module (including how to load
the modules) use the module's full name.
For example:
$ module spider ORCA/5.0.3-OpenMPI-4.1.3
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Para otros ejemplos en el uso de **ml** para buscar y cargar módulos vea nuestra wiki Lmod
Ejemplo de Lanzador
A continuación se presenta un ejemplo para utilizar ORCA desde una tarea SBATCH la que será ejecutada en la partición SLIMS.
Nuestra tarea llamda mi_orca.job tiene el siguiente contenido:
#!/bin/bash
#---------------Script SBATCH - NLHPC ----------------
#SBATCH -J example
#SBATCH -p general
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --mail-user=foo@example.com
#SBATCH --mail-type=ALL
#SBATCH -o example_%j.out
#SBATCH -e example_%j.err
ml ORCA
${EBROOTORCA}/orca input_file > output_file
Esta tarea utiliza un archivo de entrada input_file cuyo contenido es:
!HF DEF2-SVP %SCF MAXITER 500 END * xyz 0 1 O 0.0000 0.0000 0.0626 H -0.7920 0.0000 -0.4973 H 0.7920 0.0000 -0.4973 *
Y podremos ejecutar nuestra tarea en el nodo ejecutando:
sbatch mi_orca.job
Una vez ejecutado obtendremos un archivo llamado output_file con el contenido similar a (se muestra el inicio y fin del archivo):
*****************
* O R C A *
*****************
--- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---
#######################################################
# -***- #
# Department of theory and spectroscopy #
# Directorship: Frank Neese #
# Max Planck Institute fuer Kohlenforschung #
# Kaiser Wilhelm Platz 1 #
# D-45470 Muelheim/Ruhr #
# Germany #
# #
# All rights reserved #
# -***- #
#######################################################
...
...
...
--------------------
Rotational spectrum
--------------------
Rotational constants in cm-1: 30.034947 13.330794 9.232857
Rotational constants in MHz : 900425.051220 399647.143338 276794.089602
Dipole components along the rotational axes:
x,y,z [a.u.] : 0.000000 -0.812912 0.000000
x,y,z [Debye]: 0.000000 -2.066259 0.000000
Timings for individual modules:
Sum of individual times ... 1.991 sec (= 0.033 min)
GTO integral calculation ... 0.619 sec (= 0.010 min) 31.1 %
SCF iterations ... 1.372 sec (= 0.023 min) 68.9 %
****ORCA TERMINATED NORMALLY****
Recuerde que es importante:
- Modificar los parámetros del script para recibir los correos en su cuenta
- Asignación de memoria según requerimientos de su tarea
- ORCA solo puede correr en 1 nodo
