Ejemplo ABINIT
De NLHPC
Introducción
En esta wiki se realiza el tutorial básico para el uso de ABINIT, bajo la partición main.
Carga de módulos y copia de archivos
Nuestro primer paso será la carga de módulos y ver sus detalles para poder conocer las rutas disponibles y copiar archivos necesarios:
ml purge ml openmpi/5.0.6-zen4-e ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b
Una vez cargado los módulos, veremos el detalle de abinit con
ml show abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b
Veremos el detalle del módulo y podremos buscar en el directorio por los archivos que necesitamos.
En el caso del tutorial señalado en la página oficial (https://docs.abinit.org/tutorial/base1/) deberemos realizar los siguientes pasos:
- Copiar archivo tbase1_1.abi
- Definir variable ABI_PSPDIR en la tarea SBATCH
Copia de Archivo
Realizaremos la copia del archivo en una carpeta para nuestra prueba:
mkdir abitest cd abitest cp /home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/tutorial/Input/tbase1_1.abi tbase1_1.abi
Y ya podremos preparar nuestro script.
Tarea SBATCH
Editaremos un script para lanzar a la cola de trabajo en el clúster, el que contendrá la siguiente información:
#!/bin/bash #SBATCH -J abitest #SBATCH -p main #SBATCH -n 10 #SBATCH --ntasks-per-node=10 #SBATCH -c 1 #SBATCH --mem-per-cpu=4090 #SBATCH -o abitest_%j.out ml purge ml openmpi/5.0.6-zen4-e ml abinit/10.0.9-mpi-openmp-zen4-b export ABI_PSPDIR=/home/modules/spack/opt/spack/linux-rocky9-zen4/aocc-4.2.0/abinit-10.0.9-bu4l56e3w3ty6nhicbiurceqr7fxmbql/tests/Psps_for_tests/ srun abinit tbase1_1.abi
dubi
